鉴定技术采用的分子标记大多数为共显性标记，具有数量大，多态性高，不受环境等因素的影响，需要的样品量少的特点。分子鉴定检测手段简单、迅速，鉴定的准确性也特别高。常用于鉴定的分子标记有限制性片段长度多态性标记（RFLP）、微卫星DNA标记（SSR）和单核苷酸多态性分子标记（SNP）等。

水产种质分子鉴定技术主要应用方向有水产DNA指纹图谱、DNA条形码、DNA亲子鉴定和分子标记技术。

水产DNA指纹图谱：指能够鉴别水产生物个体之间差异的DNA电泳图谱，它以DNA分子标记为基础，图谱多态性丰富，具有高度的个体特异性和环境稳定性，就像人的指纹一样。

DNA条形码：指生物体内能够代表该物种的、标准的、有足够变异的、易扩增且相对较短的DNA片段。DNA条形码已经成为生态学研究的重要工具，不仅用于物种鉴定，同时也帮助生物学家进一步了解生态系统内发生的相互作用。

DNA亲子鉴定：指利用生物学和遗传学的理论和技术，从子代和亲代的基因结构的相似特点，判断父母与子女之间是否是亲生关系。DNA亲子鉴定也叫亲权鉴定。

分子标记技术：广义的分子标记指可遗传的并可检测的DNA序列或蛋白质。狭义分子标记指能反映生物个体或种群间基因组中某种差异的特异性DNA片段。