对木材的质量和使用影响较大的生物危害缺陷有变色、腐朽和虫害三大类。

原木和锯材的颜色产生的不正常变化。根据引起木材颜色产生不正常变化的因素，可分为化学性变色、初期腐朽变色、酶菌变色或变色菌变色等。①化学性变色指伐倒木或锯材由于化学和生物化学的反应过程而引起的浅棕红色、褐色或橙黄色等不正常的颜色。②初期腐朽变色指木材在腐朽初期所发生的颜色变化。它在木材横切面上呈现出粉红色、浅红色、褐色、紫色、栗色、灰色或黑紫色等各种不同的颜色，以及月牙形、环状或块状等不同形状的斑点，在纵切面上则呈现上述各种颜色的条纹。③霉菌变色指在潮湿的边材表面，由霉菌的菌丝体和孢子体侵染所形成的颜色变化。有白色、黄色、蓝色、绿色、黑色、紫色、红色等不同颜色。通常呈分散的斑点状或密集的薄层。④变色菌变色指木材受变色菌的侵蚀而引起的颜色变化。变色菌引起的木材变色大多发生在边材，又称边材变色。有蓝变、褐变、黄变、绿变或红变等各种颜色。

木材由于木腐菌的侵入，逐渐改变其颜色和结构，使细胞壁受到破坏，物理、力学性质随之改变，最后变得松软易碎，呈筛孔状或粉末状等形态。按照腐朽的性质分为白腐和褐腐。①白腐是由既破坏木质素，又破坏纤维素的白腐菌引起的腐朽，受害木材多呈白色、淡黄白色或浅红褐色、暗褐色等。②褐腐是由破坏木材细胞壁碳水化合物的褐腐菌引起的腐朽，受害木材外观呈红褐色或棕褐色等，质脆、中间有纵横交错的块状裂隙。按腐朽在树干内外的部位分边材腐朽（外部腐朽）和心材腐朽（内部腐朽）。按腐朽在树干上下部位分根部腐朽和干部腐朽。

因各种昆虫为害造成的木材缺陷。根据木材受蛀蚀的程度，虫害可以分为：表面虫眼和虫沟（昆虫蛀蚀木材的深度不足10毫米的虫眼和虫沟）、小虫眼（虫孔最大直径不足3毫米）、大虫眼（虫孔的最大直径超过了3毫米）。