数量性状（Quantitative character）呈连续的变异，很难对不同个体的性状进行明确分组，只能用度量单位进行测量，用统计学方法加以分析。数量性状基因座（Quantitative Trait Loci; QTL）一般由少数几个主效QTL和微效多基因控制。

根据标记基因型和数量性状表型，应用一定的统计方法，在遗传连锁图上标定有关QTL的位置，并估计其效应。即分析被研究的数量性状受哪些基因所控制、这些效应基因的定位，以及效应基因各自的遗传效应和联合效应。利用标记将作图群体分为不同的基因型群，分析基因型群间所测定性状的值是否存在显著差异，如果差异显著，表明用于作图群体分类的标记位点与控制该性状的一个QTL连锁。如果差异不显著，则证明该标记附近没有控制该性状的QTL存在。

分子标记连锁图的构建对于基因定位、克隆和分子标记辅助选择具有重要作用。QTL定位常用的分子标记有微卫星（simple sequence repeat，microsatellite; SSR）、单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms; SNP）、限制性片段长度多态性（restriction fragment length polymorphism; RFLP）、扩增片段长度多态性（amplified fragment length polymorphism; AFLP）等。作图群体通常是根据研究的性状目标或育种需要，选择遗传差异大、多态性高的两个原始的自交系亲本用于构建。

QTL定位的分析方法有两类，基于标记的分析法（marker based analysis; MBA）和基于性状的分析法（trait based analysis; TBA），常用的是前者。基于标记的分析方法主要有单标记分析法（single marker analysis; SMA）、区间作图法（interval mapping; IM）、复合区间作图法（composite interval mapping; CIM）、基于混合模型的复合区间作图法（composite interval mapping based on mixed linear model; MCIM）、完备的复合区间作图法（inclusive composite interval mapping; ICIM）和多重区间作图法（multiple interval mapping; MIM）等。

QTL为阐明数量性状的遗传基础提供理论基础，QTL定位可应用于分子标记辅助育种中，将鉴定出的优异QTL用于改良作物品种，提高作物的产量、品质和抗性等。