由于隐窝口长期阻塞，分泌物引流不畅，干酪样物积聚导致不易溶解的钙、镁等无机盐沉淀而形成结石，其核心可为小异物、脱落的上皮细胞或细菌等。在有纤毛菌丝的周围亦常可发生结石。结石可为一个或多个，从粟米至蚕豆大小，有些包埋于黏膜下的结石，表面黏膜受压糜烂，形成流脓瘘管，常使扁桃体上隐窝和腭舌弓粘连。

扁桃体结石的症状类似慢性扁桃体炎，患者常感觉咽喉不适、易物感或疼痛。结石的成分中含有大量磺胺类物质同时携带大量细菌，当破碎时会散发类似臭鸡蛋气味的硫化物气体，使患者产生严重的慢性口臭。结石周围并发化脓感染则有咽痛与反射性耳痛。

扁桃体结石诊断不难，如扁桃体或腭舌弓处有肉芽或流脓瘘道，可用探针探查，常可触及硬物，深部的结石，用手扪诊，亦易查出。有时可用X线摄片以助诊断。有的小结石仅在扁桃体切除的手术中或在组织切片时发现。扁桃体结石较小可用刮匙或钳子挖出，大的结石或嵌入较深时，在局部麻醉下切开黏膜取出。漱口是预防结石、防止口臭、防止复发的重要手段。如患者结石反复发生，临床异物感、口臭严重，经常并发结石周围的化脓感染，则建议行扁桃体切除术。

长期保持口腔清洁、戒除烟酒、积极治疗慢性扁桃体炎，日常适当饮茶可防止扁桃体结石的发生。