2008年开始筹备，于2009年底经中国科学院正式批准成立。根据中国科学院的文件精神，该院定位于科研、管理、服务三大功能，通过联合与协调中国科学院北京地区生命科学领域7个研究所，开展跨所和交叉科学研究，协调国际合作、支撑服务、学术交流等活动，提供研究生教育和仪器共享平台服务，自主开展现代生命科学交叉研究。

该院以“瞄准国家战略需求和现代生命科学重大前沿，推动学术交流和学科交叉融合，提高整体科技创新能力，促进生物技术的产业化，为我国生命科学和生物技术的发展做出突出贡献”为宗旨，致力于在北京建立中国科学院生命科学研究的集群和园区，通过所际间联合与合作以及学科交叉，引领和带动我国生命科学和生物技术的发展。

作为生命科学交叉研究中心，该院建立了交叉学科研究中心、开放研究中心、联合研究中心和国际合作中心等。交叉学科研究中心包括生态基因组学、传染病与病原免疫学、计算生物学、合成生物学、化学生物学、行为遗传学等团队。开放研究中心以该院配置的“高、精、尖”科研设施为载体，配备优秀技术支撑人员，为跨学科的科研人员提供科研服务。联合研究中心依托研究所现有科研人员和团队组建跨所跨学科的联合研究团队，开展相关科学研究。联合研究中心包括免疫与健康、全球变化生物学、计算生物学联合研究中心。国际合作中心以努力寻求交叉科学研究的深层次国际合作为目的，建立包括中美生命科学联合研究中心、中日联合实验室在内的国际合作中心。该院率先在国内开展大型仪器共享服务试点，取得了重要的示范和推广经验。已建成了中国科学院北京生命科学大型仪器区域中心，将北京地区8个生命科学研究单位的大型仪器资源进行了集中整合，实现了在全中国网上预约、定时使用、网上结算的共享系统，为生命科学领域研究提供技术支撑服务。该院也承担国家和中国科学院指派的软科学研究，为中国生命科学和生物技术的发展提出咨询意见和建议，以及制定相关战略研究和长远规划。该院依靠其自身精干的科研队伍，在国际最顶尖的刊物，例如《科学》（Science）、《自然》（Nature）、《细胞》（Cell）等上发表了重要科学论文，在疫苗研发、非编码RNA鉴定和时空转录组技术等方面都有重大创新和技术发明。该院创办北京生命科学论坛、精品讲座、PI Club3个学术品牌，以及国际生命科学著名学术期刊——《蛋白质与细胞》（Protein & Cell）。该院致力于研究生综合素质的提高与优秀人才的培养，以形式多样的活动推动研究生层面学术交流，筹措资源设立研究生奖项，激励研究生的研究兴趣和创新动力。

该院有在职职工20人，其中中国科学院院士2人，5位研究员，7位副研究员，40多位研究生和博士后以及项目聘任人员。拥有生态基因组学及适应性研究、比较和进化免疫学研究、基因组和表观基因组研究、计算基因组学研究、化学生物学与诊断治疗的科研团队。该院委托中国科学院大学生命科学学院代招博士生和硕士生，设有遗传学、生物化学与分子生物学的硕士、博士学位点和博士后流动站。