位于马来西亚沙捞越北部海岸200米高的石灰岩地区。1954年发现，1954年、1957～1967年、1977年、2000～2003年多次发掘，1958年发现距今3.7万年的解剖学意义上的现代人头盖骨^[注]。遗址以“大洞穴西入口^[注]”堆积最丰富，发现有旧石器时代、新石器时代及金属时代三个时期的堆积。

旧石器时代遗存年代距今约5万～0.87万年。其中，距今5万～3.75万年的石制品多为权宜石器^[注]，包括2件小型石灰岩单台面石核、1件不规则石灰岩石核和46件石片，这些权宜石器沿用至距今1.15万年。距今1.7万年已出现仅刃缘磨制的石器。距今1.15万～0.87万年，磨制石器的数量增多，还发现有屈肢葬和蹲踞葬共25座。尼阿洞穴遗址旧石器时代的生业方式以狩猎采集为主，主要狩猎对象为野猪，采集的植物以山药、棕榈和天南星科植物为主。

洞穴中的人类活动迹象在距今8700～3500年很少。

新石器时代至金属时代早期已发展为一处墓地，年代距今约3500～2200年，共发现墓葬145座。葬式有仰身直肢葬、瓮棺葬和火葬。随葬有石器、骨器和陶器等器物。陶器包括绳（篮）纹陶、在刻划和压印卷云纹上施红彩或黑彩的三色陶^[注]，以及形式多样的双流罐^[注]。遗址发现的年代最早的陶器为距今2800～2200年的红衣陶^[注]，而绳（篮）纹陶在距今1300年才出现。

尼阿洞穴遗址首次揭露了沙捞越地区从旧石器时代晚期到金属时代的考古学文化序列，并为岛屿东南亚地区史前人类的迁徙及生业方式等研究提供了重要资料。