印度尼西亚旧石器时代考古以爪哇岛发现的直立人和弗洛勒斯岛发现的弗洛勒斯人^[注]（属智人）著称。在爪哇岛发现的数个直立人地点中，如桑义兰遗址^[注]，发现具有人工痕迹的石制品和骨制品。这些石制品和骨制品虽未与直立人化石共出，但学术界多认为属于直立人的遗物，年代在早-中更新世早期。分布于爪哇岛巴克索霍河^[注]等流域的遗存，被称为巴芝丹石器工业^[注]。石制品原材料以硅质凝灰岩砾石为主，亦有少量硅质灰岩和硅化木砾石。石制品种类以大石片或砾石打制的砍斫器为主，还有用石片加工成的手斧，以及用小石片制作的刮削器、钻具和雕刻器等。中更新世末期遗存以爪哇岛梭罗河谷昂栋等地点发现的遗物为代表，除具有切割痕迹的骨、角器外，石器以玉髓或安山岩为主要材质，器形有边刮器、端刮器、尖状器、钻等，均用厚而短的石片制成，年代或可晚至晚更新世。晚更新世遗存以弗洛勒斯人的石器为代表，材质以火山岩为主，种类包括砾石石核、石片和石叶工具等，年代不晚于距今5万年，或可早至距今19万年。

旧石器时代晚期遗存以苏门答腊式^[注]石器为代表，这种石器是在砾石上进行单面修形加工而成。此外，苏拉威西南部流行所谓的多列^[注]石器，其早期典型器物有尖状器、陡边刮削器及粗糙的石片等，年代距今约8000年；中期有弧背刮削器、边刮器、端刮器、钝背石叶、骨锥等，年代距今约6000年。

印度尼西亚的新石器时代约始于距今3500年。遗物除磨制的石斧、石锛等石器及大量贝制品外，还有大量陶器。其中，加里曼丹岛东部、苏拉威西、马鲁古群岛等印度尼西亚东部地区最早出现的新石器时代陶器均为素面红衣陶，较晚的陶器则出现戳印纹和刻划纹等纹饰，其新石器时代的产生或与南岛语族的扩散有关。苏拉威西的米南加·西帕克遗址^[注]早期文化层中首次发现与红衣陶共出的距今3500年的驯化稻。苏门答腊、西爪哇及加里曼丹岛西部的陶器则以绳纹陶为主，其来源和年代尚无定论，有学者认为与中南半岛关系密切。

很多学者认为印度尼西亚没有纯粹的青铜时代，青铜器多与铁器同出，故采用早期金属时代一词，年代约为公元前500年～公元500年。大部分遗物系由采集而来，仅少数出自遗址或墓葬，但均缺乏可信的测年，也难以区分出不同的文化类型。发掘的重要遗址有巴厘岛的潘坤帕石棺墓地^[注]等。

总体来说，印度尼西亚早期金属时代的墓葬多为土坑墓，葬式有仰身葬、俯身葬和屈肢葬等，也有瓮棺葬和石棺墓等。其中，瓮棺葬多分布于沿海地区，在爪哇、苏门答腊、巴厘、苏拉威西、萨拉亚尔、松巴诸岛都有发现，石棺墓则多见于上述岛屿的内陆。这一时期的青铜器有靴形斧、弧刃有銎斧、戈、矛、剑等武器，环、垂饰、手镯等装饰品，铜鼓、铜铃等乐器。常见纹饰有重环纹、三角纹、连续涡纹、鸟纹、人形纹、鱼纹、船纹等。铜鼓在印度尼西亚群岛各地均有发现，但以苏门答腊南部、爪哇及巴厘三地最多，其中属于黑格尔第1型的铜鼓，可能属早期铁器时代。与青铜器同出的铁器有剑、矛等武器，玻璃珠及红玉髓珠等装饰品。