合成生物学中主要有两种方法，自上而下和自下而上。自上而下指对已存在的生物或者基因序列重新设计精简路径来实现新功能提高生产效率；自下而上是对赋予非生物体以生物功能体系得到功能和产出效率。它们的交叉点就是底盘生物。不仅可以维持生命而且能够支持通过设计引入结构通路复杂的基因线路，能够按照设想高效且状态稳定的发挥作用。目的工程化获得特定的生物功能，应用在实验室科研、制药化工、环境净化、垃圾处理与高值利用、生物防治、高值化生产有机化合物与生物燃料，以及碳中和等领域。底盘生物的代谢途径可以高度准确的预测以及代谢路径具有可靠性等优点。