嫁接结束后，在接穗萌发前后，砧木基部或接口以下常发生大量萌芽，必须及时、反复多次地进行抹除，防止其与接穗争夺养分，影响嫁接苗生长，保证接穗快速愈合并生长，提高成活率。广泛应用于核桃、柑橘、杧果、柿、苹果、桃、龙眼、荔枝、橄榄、杨梅、枇杷、枣、油柰等果树中。

不同果树抹砧芽时间有所不同。核桃嫁接10天后砧木上的芽开始萌发，需要每隔5～7天抹除一次，连续抹3～4次，直到接芽生长到30厘米以上，砧木上的芽不再萌发为止。杧果则在剪砧后每3～5天抹砧芽一次。而在高温高湿的夏天，大量砧芽快速萌发，需要缩短抹芽周期。

在抹芽过程中，也有一些需要适当选留砧芽的情况。一是嫁接芽成活与否难以及早判明的，应选留发育健壮、着生部位适宜的2～3个萌发砧芽任其生长，以备来年补接；二是果树体没有留辅养枝的，可适当保留少数砧芽，以平衡养分、水分的运输供应，促进接穗生长。在核桃高接换种中常采用缓抹砧芽，即抹掉2/3的砧芽，留1/3的砧芽作营养枝，兼具抽水枝的功能；控制砧芽的顶端优势，待接芽长到20～30厘米时再全部抹掉砧芽。南方果树枇杷选留砧芽，除平衡水分和营养外，还起遮阴的作用，以防接穗芽在盛夏遭烈日暴晒。

抹砧芽应在阴天进行，过早往往影响成苗，过迟则影响新梢生长。如果气候干旱，供水条件不良，可适当提早。如遇连续阴雨季，则须开挖深沟排水，并适当推迟处理。