蛋白或多肽分子是一类两性电解质，在其结构中保留着游离的末端α-氨基和α-羧基以及侧链上的各种官能团，使其在溶液中以多价离子的形式存在。其所带电荷的性质和数量取决于分子组成中酸性和碱性氨基酸的数目比例，也受溶液pH的影响。当多肽或蛋白的溶液处于某一pH时，恰使其处于正负电荷数相等，即净电荷为零的状态，此时溶液的pH称为蛋白或多肽的等电点。对于碱性氨基酸含量较高的多肽，其等电点偏碱性；反之，酸性氨基酸含量较多的多肽，其等电点偏酸性。常用的测定方法有等电聚焦电泳法和等电聚焦毛细管电泳法。

等电聚焦电泳法，基于的原理是两性电解质在电泳场中形成一个pH梯度，带电的药物在电泳中向极性相反的方向迁移，当其达到等电点时，电流最小，不再移动。电泳结束后，将标准品的等电点对其迁移距离作线性回归曲线，并将供试品迁移距离代入以上曲线方程即可求出供试品的等电点。

等电聚焦毛细管电泳法，将药物与两性电解质混合进行，两个电极槽中分别放入酸液和碱液。两性电解质溶液迁移使毛细管阴极端的pH升高，阳极端pH降低，从而产生了pH梯度，使得不同等电点的药物在各自等电点处形成聚焦带，然后用压力或改变检测器末端电极槽储液pH值的方法使药物通过检测器，或者采用全柱成像的方式进行检测。