果树芽的分生组织体细胞发生突变，当芽萌发成枝条，并在性状上表现出与原类型不同时，即为芽变。

在营养系品种内，除由遗传物质变异引发芽变外，还普遍存在由环境因素造成的不能遗传的变异（饰变）。芽变选种的一个重要问题就是正确区分这两类变异，选出真正的优良芽变。

芽变经常发生且变异丰富，成为无性繁殖植物产生新变异的重要来源。芽变选种的突出优点是可对优良品种的个别缺点进行改善，同时基本上保持其原有综合优良性状，一经选出即可通过无性繁殖实现生产利用。对于苹果、柑橘等果树的生产，芽变选种发挥着巨大的作用。

芽变选种分两个阶段进行。第一阶段是从生产园（栽培圃）内选出芽变优系；第二阶段是对初选出的优系无性繁殖后代进行比较筛选，包括复选和决选。