中国20世纪70年代开始建立湖泊保护区。按自然地理条件的差异，以及资源利用、生态治理的区域特点，可将中国湖泊分布划分为东部平原地区、青藏高原地区、蒙新高原地区、云贵高原地区、东北平原地区与山区五大自然区域的湖泊保护区。

东部平原地区的湖泊保护区主要分布在长江及淮河中下游，黄河及海河下游和大运河沿岸。面积1平方千米以上的湖泊有696个，约占全国湖泊总面积23.3%。中国著名的五大淡水湖——鄱阳湖、洞庭湖、太湖、巢湖、洪泽湖位于本区，湖泊分布密度大。此区湖泊主要与河流水系演变，海涂的发育和海岸线变迁有着重要关系。以鄱阳湖保护区为例，其为保护野生动物类型的自然保护区，主要保护对象是白鹤、鸿雁和小天鹅等珍稀候鸟及其越冬地；保护区属内陆型湿地，主要湿地包括湖泊、永久性河流、时令湖和永久性淡水草本沼泽、泡沼等类型；1992年被中国林业部和世界自然基金会列为中国40个A级保护区之一，同年被列入《国际重要湿地名录》。

青藏高原地区湖泊是地球上海拔最高、数量最多、面积最大的高原湖群区。面积1平方千米以上的湖泊1091个，约占全国湖泊面积49.5%。大多数湖泊发育在山脉的平行的山间盆地或巨型谷地之中，湖泊深居高原腹地，以内陆湖为主。以纳木错湖区为例，是迁徙水禽的重要繁殖基地，主要有黑颈鹤，赤麻鸭和斑头雁等。

蒙新高原地区湖泊以内陆湖为主，湖水因地表径流补给不丰、蒸发强度较大而不断浓缩，发育成闭流类的咸水湖或盐湖。面积1平方千米以上的湖泊772个，约占全国湖泊面积21.5%。其中，鄂尔多斯高原、准噶尔盆地和塔里木盆地咸水湖和盐湖分布集中。

云贵高原地区的一些大的湖泊主要分布在断裂带或各大水系的分水岭地带。以洱海为例，有浮游动物88种，水生植物32种，土著鱼类17种，水禽候鸟46种。

东北平原地区与山区湖泊汛期（6～9月）入湖水量为全年水量的70%～80%，水位高涨；冬季水位低枯，封冻期长。资源利用以灌溉、水产为主，并兼有航运发电和观光旅游之用。面积1平方千米以上的湖泊140个，约占全国湖泊面积4.4%。