引起生理病害的因素包括：气候（温度、湿度、光照等）、土壤（营养、水分、酸碱度等）、栽培管理条件（施肥、农药药害等）以及环境污染等因素，其中最重要的是土壤和气候因素，这些非生物因素引起的病害不能互相传染。大致可分为两种情况：营养失调造成的生理病害和环境因素引起的生理病害。

因土壤中某种矿质元素缺乏而使果树表现出缺素症。缺素症的发生与土壤中有机质含量、土壤酸碱度等有关，如以枳壳为砧木的柑橘品种在碱性土壤栽培时，表现出缺铁黄化症状。

环境因素引起的生理病害主要有：①水分失调。长期干旱可引起叶片萎凋、黄化、花芽分化减少、早期落叶落果等，前期干旱后期水分过多则易造成荔枝、杧果等果树发生裂果。涝害对果树的影响也很大，一般以梨、枣、葡萄较为耐涝，而桃树则不耐涝。果园发生涝害导致土壤中缺少氧气，抑制根系的呼吸作用，使果树叶片黄化、枯萎等，造成早期落叶和落果，最后引起根系腐烂和全树干枯死亡。②温度影响。高温干旱常引起果树茎、果实的局部灼伤，如柑橘日灼病。③有害物质引起中毒。空气或土壤中的有害气体或物质可使果树中毒，如造成大气污染的二氧化硫、氟化物、臭氧、氯气、粉尘等。冶金、发电、石油、化工等工厂废气中的二氧化硫是常见的污染物，常使果树中毒，造成叶片不均匀褪绿，在叶脉间形成白斑等。搪瓷厂和砖瓦厂排出的氟化氢等使果树叶尖和叶缘呈油浸状，由黄变褐，干枯脱落，严重时树体死亡。红壤土中铝过多常引起柑橘中毒。此外，工厂废水造成的水质和土壤污染，以及叶面肥或除草剂使用过多，也有可能对果树造成毒害或药害。