农用地污染防治包括预防和治理两个方面。农用地污染防治以预防为主，预防与治理并重。

主要从源头控制和减轻农用地污染，土壤被污染前，对可能导致污染的物质或行为采取相应的措施，包括：①控制污染源排放浓度和总量。预防的重点要放在未污染的农用地上，对农业用水进行经常性监测、监督，使之符合农田灌溉水质标准，利用城市污水灌溉时必须净化处理。②合理施用化肥和农药。积极发展高效低残留农药，科学地使用农药能够有效地消灭农作物病虫害，发挥农药的积极作用。③积极推广生物防治病虫害。既能有效地防治农业病虫害又能减轻化学农药的污染，利用益鸟、益虫和某些病原微生物来防治农林病虫害。④合理施用化肥。慎重使用污水处理厂的活性污泥、下水污泥、河泥和塘泥，要严格控制一次性地膜的使用，整治矿山防止矿毒污染等。⑤提高公众的土壤保护意识。在开发和利用土壤的时候，应进一步加强舆论宣传工作，使广大干部群众知道土壤问题是关系到国泰民安的大事。让农民和基层干部充分了解当前严峻的土壤形势，唤起他们的忧患感、紧迫感和历史使命感。

主要通过客土法、钝化法、植物修复法和其他生物修复技术对已遭受污染的土壤进行改良、治理。如污染物主要存在于表层土壤中，可采用客土法将污染较重的表层土与污染较轻的深层土壤进行置换，但在治理过程中，必须采取相应措施确保污染物不会对周围土壤和地下水等介质造成污染；对于一些重金属污染的土壤，可使用化学改良剂来改变土壤的氧化还原条件使重金属降低其活性；对有机污染物如三氯乙醛，可采用松土、施加碱性肥料、翻耕晒垄、灌水冲洗等措施加以治理；对于砷、汞和镉等污染的土壤，可利用蜈蚣草、大叶井口边草、黑麦草和蕨类等植物进行治理；对于多环芳烃和石油烃类污染的土壤，可采用高效降解菌来进行治理。