由中国药学会与沈阳药科大学共同主办，创刊于1990年。办刊宗旨为站在药物化学发展的最前沿，报道该学科最新的科技动态与科研成果，为广大医药科技工作者提供了解新药研究、制药工艺研究、天然药物化学研究的窗口，促进世界医药事业的发展。

编委会荟萃了中国大专院校、科研院所、制药集团从事药物化学研究的专家学者，名誉主编为中国科学院上海药物研究所嵇汝运院士，主编为北京大学药学院张礼和院士，执行主编为沈阳药科大学教授程卯生。2018年第八届编委会共有编委128人。这些编委成员为刊物的稿件来源、稿件评价以及办刊方略提供了坚实的保障，使《中国药物化学杂志》切实反映了国内药物化学研究的最高水平。

设有研究论文、研究简报、新药信息、科研快报、综述等栏目。

可刊载新化合物的合成及活性、计算机辅助药物设计、药物定量构效关系研究、药物合成方法、合成工艺改进、合成反应研究、天然产物分离鉴定及全合成研究等方面的科研论文以及新药信息、科研快报等报道性文章。

是中华人民共和国科学技术部中国科技论文统计源期刊、《中国学术期刊综合评价数据库》来源期刊、《中国期刊网》《万方数据》《中国学术期刊（光盘版）》全文收录期刊。已被美国化学文摘（CA）等文摘性杂志收录，并进入CA摘引最多的1000种期刊表（“CA千刊表”）。

在中国科学技术协会举办的全国优秀科技论文评比中，《中国药物化学杂志》刊载的论文连续4次获奖。