仿真数字计算机系统的结构有分布式计算机系统、多机并行处理系统、超小型计算机加上外围阵列处理机及混合计算机系统等。分布式计算机系统是分布式计算机与仿真技术相结合的产物。其主要特点有：可以实现资源共享，包括程序和数据共享；可靠性较高；性能价格比占优势；由于任务一级的并行性和模块化，从而增强了有效处理能力和规模灵活性。多机并行处理系统是指用两部或多部独立的处理机同时执行两个以上的程序，以达到高速完成同一处理任务的计算机系统。

多机并行处理系统是一种高性能计算机系统，其突破了单一计算机的速度极限，具有高的性能价格比、灵活的系统扩充性、良好的可靠性和容错性等优点。超小型计算机在体系结构上引进了大型机中的高速缓存、高速浮点运算部件与虚拟存储等先进技术，采用32位字长，因此在处理能力、精度及应用覆盖面上都超过了经典的小型计算机。外围阵列处理机具有用于阵列处理或采用阵列结构的特点。实践证明，用超小型计算机加上外围阵列处理机组成的仿真计算机系统具有很好的性能价格比，因而被广泛采用。混合计算机是一种混合的多处理机系统。其是由一台或多台超小型计算机、外围阵列处理机、模拟机处理机及其之间的混合分时接口组合而成。这种混合计算机处理系统速度可达108操作次数每秒，性能高而且功能强。但系统复杂，价格较为昂贵，因此仅用于一些复杂的大型系统仿真。