在公历纪元前后，印度尼西亚是海上交通的要冲，居民都为印度人，主要信仰婆罗门教。5世纪初，法显去耶婆提（今苏门答腊及爪哇）时，据他所著《佛国记》，当地盛行婆罗门教，但亦有少量的佛教。稍晚，印僧求那跋摩赴华，路经阇婆时，已见佛教甚为流行。据中国史籍《宋书》《南史》和《梁书》的记载，5世纪中叶至6世纪上半叶，苏门答腊、爪哇和巴厘等地已广信佛法、崇仰三宝。7世纪末，室利佛逝王国在苏门答腊地区建立。中国高僧义净往返印度时都在此落脚，据其所述，该地大小乘并举，但从出土的文物看，密教系的观音菩萨和多罗菩萨信仰也很普遍。8世纪初，到中国的印度高僧金刚智曾在室利佛逝滞留，不空即在阇婆拜金刚智为师，可见8世纪前后大乘佛教特别是密教一系在室利佛逝十分流行。8世纪以后，佛教由室利佛逝向马来半岛发展，当地王室都信奉密教，在马来半岛建立了大批密教寺院，民间亦多信奉者。

5世纪以后，佛教在爪哇广为流传。8～9世纪，在中爪哇建立的夏莲特拉王朝诸王都信奉大乘佛教与印度教混合的密教，建立了很多寺院。婆罗浮屠大寺，高十层，代表十法界，石砌回廊都刻有精美的浮雕，庄严雄伟，是世界美术史上的奇观。

10世纪初，室利佛逝的高僧编集了佛教教义书《圣大乘论》。13世纪，庚·安禄在东爪哇创建的新诃沙里王朝和14世纪韦阇耶建立的满者百夷王朝都信奉佛教。爪哇佛教是大乘密教和印度教湿婆派的混合物。他们把佛陀和湿婆看作一体，在崇拜的对象中杂有印度教的很多神祇。15世纪伊斯兰教传入爪哇后，佛教和湿婆派的信仰逐渐衰落，以至绝迹。

19世纪初以后，随着中国、缅甸、斯里兰卡和泰国移民的到来，印度尼西亚重新出现了佛教，南传佛教、北传佛教都有流传。20世纪50年代，印度尼西亚佛教有所复兴，1956年印度尼西亚佛教徒在“婆罗浮屠”举行佛陀涅槃2500年的庆祝活动，后来还有多个印度尼西亚佛教组织加入“世界佛教徒联谊会”。印度尼西亚佛教徒联合会现为全国性佛教组织，全国有数十所佛教学校。