生于河北，童年随父在北京、香港生活，1949年到新加坡，后赴澳大利亚。1964年，获澳大利亚国立戏剧学院戏剧制作文凭。1965年，返新加坡定居，同年创办新加坡表演艺术学院（1984年更名为实践表演艺术学院），成为新加坡第一个积极从事华语剧场的创作和推广的剧作家。1976年3月，郭宝崑因创作表现社会尖锐矛盾冲突的《喂，醒醒！》《挣扎》《青春的火花》被逮捕，1977年被剥夺公民权，1980年10月在限制居住和旅行的条件下获释。1982年，新加坡14个华语剧团联合演出了郭宝崑创作并导演的《小白船》一剧。1986年，创办新加坡第一所职业双语剧团——实践话剧团（1997年更名为实践剧场）。1989年，创办新加坡第一个民间多元文化艺术中心——电力站艺术之家。1992年郭宝崑重新获得公民权。2000年开办以表演艺术为中心的三年全日制剧场训练与研究课程。

郭宝崑创作了20余部剧本，主要有《棺材太大洞太小》《傻姑娘与怪老树》《老九》《郑和的后代》《灵戏》等。独幕喜剧《棺材太大洞太小》是郭宝崑影响最深远、演出最多的作品。描写一位老人生前为自己做了一个很大的棺材，死后子孙们把他的棺材送到政府规定的墓穴，可是墓穴太小，怎么都装不下棺材。家属和政府官员再三谈判协商，最后还是不得要领。该剧深刻地揭露了政府官员的刻板、僵化、怕负责任的形象。导演的戏剧作品有《岛》《老九》《寻找小猫的妈妈》《红鹰》等。其中《寻找小猫的妈妈》演出时运用了中文、英语、马来语、泰米尔语，还有华人的各种方言如潮州话、福建话、广东话、客家话等，在新加坡戏剧史上第一次让不同文化、不同语言的新加坡观众同时坐在剧场观看一部属于他们共同生活经验的戏剧。

1983年，郭宝崑为新加坡华语戏剧团体策划了第一届华语戏剧营；1986年，促成兰陵剧坊到新加坡的戏剧节演出该团的经典作品《荷珠新配》；1987年邀请J.格洛托夫斯基戏剧学派的专家到新加坡实践剧团导演《傻姑娘与怪老树》，并于同年开办第二届华语戏剧营。郭宝崑因在戏剧创作和戏剧教育方面的成就，被誉为“新加坡剧场之父”。1990年获新加坡文化奖（戏剧），1997年获颁法国国家文学骑士勋章，2002年荣获新加坡卓越贡献奖。