对在某一时期或某一季节可形成相对稳定的集群，且集群的个体数量较多，集群地点多或集群范围大，集群地点视野开阔、易以直接计数的种类可进行同步调查。同步调查应在调查对象集群期间在其集群地点进行。

开展同步调查的程序一般包括调查地点确定、集群地确定、观测分区划定、观测点选定、观测计数、数据处理等。一般地，正式调查前应进行预调查，收集有关信息，了解调查对象的分布、集群地点、活动规律以及各集群地点的地形地貌等，以利于制定调查方案，确定调查地点、划定观测分区、选定观测点。

大部分水鸟集群越冬、集群迁徙，主要在近海与海岸湿地、河流湿地、湖泊湿地、沼泽湿地、人工湿地等湿地中栖息，易于发现和计数，因此在越冬期和迁徙期适宜进行同步调查。2016年1月，原国家林业局组织开展了全国冬季水鸟同步调查；2016年10～11月，原国家林业局组织开展了全国秋季水鸟同步调查。