常用的异染性染料有甲苯胺蓝、硫堇、结晶紫、亚甲蓝（美蓝）等。这类染料的共同特点是染色结果与染料固有的染色不同，但同时具有原色染色性质。如肥大细胞颗粒内含有的组织胺（组胺）和肝素等呈异染性物质，因此用异染性染料如甲苯胺蓝染色可使其呈紫红色，但细胞核呈蓝色（见图）。

异染性染色的原理尚不清楚。有人认为，当组织结构中的某些酸性基团彼此间距小于0.5纳米时，染料阳离子与其结合，引起染料分子发生不同程度的聚合，即染料分子由单体（原色）转变为双聚体或多聚体（异色），使吸收光谱的光波范围发生改变，不同于原色的吸收光谱，从而产生异染现象。

肥大细胞甲苯胺蓝染色（示胞质内嗜碱性颗粒呈异染性）