位于东科迪勒拉山脉和中科迪勒拉山脉之间。范围包括乌伊拉平原、托利马平原、昆迪纳马卡省西部平原、卡尔达斯东部平原、安蒂奥基亚平原区、桑坦德尔平原，以及玻利瓦尔、塞萨尔、马格达莱纳和大西洋等省的沿海平原，面积约19.7万平方千米。为第三纪到第四纪的沉积地带，土地肥沃，人口较稠密，是哥伦比亚较富裕的地区之一。

谷地从南到北大致可分为4个地区：①从奥古斯丁到内瓦一段，河水落差较大，水流湍急，水利资源丰富。河两岸平原，利于发展农牧业。作物有水稻、咖啡、棉花、香蕉等；是畜牧业中心。②从内瓦到翁达一段，汇合了许多支流后，水流量增大，可通小船。这段地区称上马格达莱纳河地区，是著名的热带稀树草原地区。土地肥沃，灌溉便利，年平均气温24℃，年降水量1000～2000毫米，主要种植水稻、棉花和芝麻等，是哥伦比亚的重要粮仓之一。③从翁达到拉格洛里亚，是中马格达莱纳河地区，属于热带雨林地带，气候炎热潮湿，年平均气温在29℃以上，平均年降水量3000毫米，为热带森林所覆盖。农作物有烟草、咖啡、棉花、水稻、香蕉等。④从拉格洛里亚到入海口是下马格达莱纳河平原，是哥伦比亚的重要农牧业区。土地肥沃，灌溉便利，年平均气温29℃。农作物有水稻、咖啡、香蕉、棉花等，畜牧业也很发达。下游平原是哥伦比亚的石油储藏地区。河中盛产淡水鱼。