波斯是伊朗在古希腊语和拉丁语的译音，有着悠久的历史。波斯兴起于伊朗高原的西南部，在这一地区曾建立过多个帝国。波斯在历史上曾遭遇来自北方的中亚部落、西方的美索不达米亚人、马其顿的亚历山大人和南方的阿拉伯人的入侵，在其自身实力强大之时也入侵邻国，在这些相互入侵中，波斯与这些文化接触并产生相互影响。尽管经历了这些沧桑巨变，波斯依然保持了一种持续的文化脉络。

伊朗医学的历史可以追溯到琐罗亚斯德教，它保留了许多雅利安人的传统和信仰。

大约2700年前，在雅利安人最后的一次迁徙浪潮中，两群雅利安人，米底人（Medes）和波斯人（Persians），定居在扎格罗斯（Zagros）山脉以东的伊朗高原。大约两个世纪后，这两个民族联合起来，形成了波斯帝国。米底人由六个部落组成，其中之一为来自中亚的贵族朝圣者，由世袭的祭司组成，称为Magi（圣经中称为智者），这些Magi后来形成了琐罗亚斯德教（Zoroastrian）的世袭祭司，被称为Mobed，他们指导宗教仪式以及充当灵魂的治疗者。后来，医生和外科医生形成了一个特殊的阶层，但Magi与Mobed通过祈祷和阅读宗教文本来治愈仍被认为是最好的治愈方法。

阿维斯坦或琐罗亚斯德教医学是基于古代雅利安人的世界观，强调通过道德纯洁和卫生仪式来预防精神和身体的疾病。这些重要的职责由Magi与Mobed担任，采用诵读宗教咒语和草药处方来治疗疾病。采用焚烧野云香和乳香来保持水和空气的净化。土壤要种植粮食作物和果树，要远离腐烂的物质和不受污染。

根据琐罗亚斯德教圣书《阿维斯陀》（Avesta）的第四部分“Vidaevadata”所载，还有两类治疗医师：一类是外科医生（Kard Pezeshk），另一类是草药师（Gyah Pezeshk），他们的地位都低于Magi与Mobed。外科医生须通过考试才有资格进行手术，应试者须治愈三名非琐罗亚斯德教的病人，以展示他们使用手术刀的技能。在“Vidaevadata”提到，琐罗亚斯德教的神灵阿胡拉·玛兹达（Ahura Mazda）给了第一个草药师斯里塔（Thrita）10000种草药来治疗疾病。阿维斯坦的医疗实践体系，是从现存的琐罗亚斯德教的宗教经文所摘出，其汇集了科学、医疗或哲学的条文，从公元前553年阿契美尼德（Achamenid）王朝到公元651年阿拉伯入侵伊朗之前的萨珊王朝，存在了1200年。

从公元3世纪到7世纪的萨珊时代，伊朗医学发展迅速。萨珊王朝时期最著名的文化和科学中心之一是位于伊朗西南部胡齐斯坦省（Khuzestan）苏萨附近的沙阿巴德的冈迪沙布尔市。这座城市重建于公元3世纪，很快就成为古代世界最重要的科学中心。冈迪沙布尔医学院是一个著名的世界性机构，对伊斯兰医学的进一步发展产生了至关重要的影响。在这所学校里，希腊、波斯和印度的医学遗产得到了保存，包括翻译了希波克拉底和盖伦的著作。随后传到了伊斯兰世界，再传到了西方。冈迪沙布尔医院对后来伊斯兰国家医院的发展具有示范作用。公元765年，曼苏尔哈里发召见冈德萨布尔医院当时的基督教院长Jewarrjis bn Jebrail Bokhtisu到巴格达。后来，Bokhtisu家族就一直居住在巴格达从事医生和翻译工作。

随着伊斯兰教的征服，医疗中心转移到哈里发帝国的首都巴格达，冈德萨布尔逐渐被遗忘。

回顾历史，也许冈德沙布尔最重要的遗产是将当时希腊、伊朗和印度的医学知识传递给了以巴格达为中心的伊斯兰世界，并将这些知识翻译成阿拉伯语。在文艺复兴时期，这些著作被欧洲世界重新发现并翻译成拉丁语，成为一个宝库。

伊斯兰教在公元7世纪中叶征服伊朗后，伊朗的科学和文化陷入了长达两百年的沉睡。

随着公元750年阿巴斯哈里发的统治，伊斯兰世界进入了一个“学习的黄金时代”。哈里发帝国迁往巴格达，建立了“智慧之屋”，并将伊斯兰帝国的所有学者聚集到巴格达。

伊朗萨曼王朝（Samanid Dynasty，819～999）的兴起，有学者将之描述为“波斯的黄金时代”，是伊朗文化和科学的“文艺复兴时期”。在这一时期，著名科学家包括数学家花拉子米（Khwarazmi，780～850），他的十进制系统后来被引入欧洲，“代数”和“算法”这两个词源于他的著作。天文学家兼数学家O.海亚姆（Omar Khayyam，1048～1131），对代数学做出了重大贡献。当时的伊朗医生在西方很有名，他们和盖伦一起主导了欧洲医学课程长达数世纪，如拉兹（Zakariya Razi，865～925），他的《医学集成》和《曼苏尔医书》是伊斯兰东方和中世纪欧洲几个世纪的重要医学文本；海利·阿巴斯（Haly Abbas，公元982年去世）是著名外科医生，著有《医学艺术的完美之书》（The Perfect Book of The Art of Medicine），其中用了100个章节讲述外科实践。在他的著作中，他描述了用酒浸泡的敷料包扎头部伤口。阿维森纳（Avicenna，980～1037）是伊朗最著名的医生和哲学家，其著述逾百卷，涉及科学、医学、哲学等许多领域，其中最著名的《医典》是医学史上的经典著作之一，为后世广泛使用。阿维森纳深入研究过中国、印度和波斯的草药，坚持所有理论都必须得到经验的证实。

当时，大多数波斯学者都在巴格达或长或短地访问和教学。几乎所有这些学者和医生都用阿拉伯语写作，如同拉丁语是欧洲的科学和哲学的通用语一样。由此，在欧洲人接触伊斯兰文明并把他们的科学和哲学著作翻译成拉丁文时，欧洲常把著作的作者误认为是阿拉伯人。因此，有学者指出，谈到“阿拉伯科学”或“阿拉伯医学”时，是因为用阿拉伯语写的，但大部分作者是波斯人、叙利亚人、犹太人和希腊人，但只有很小一部分是真正的阿拉伯人。只有少数医生用波斯语书写，如阿布巴克尔·拉比本·艾哈迈德·阿卡哈瓦尼·布哈里所写的《医学生手册》（Hedayat al-Motaallemin fi Tebb），是为医学生编写的手册或指南。它与萨曼王朝时期伊朗语的复兴有关。

古代波斯医学在研究东方文明上非常重要，又从欧、亚、非地区吸取有益的文化来充实本国的文化。波斯医学是欧洲、亚洲、非洲诸民族国家的医术和药物学相互交流、借鉴与融合的产物。