生于德国蒂宾根，卒于剑桥米灵顿路30号。德文名是戈特弗里德·鲁道夫·埃伦伯格。来自犹太学者家庭。1939年德国《慕尼黑协议》签订后，纳粹政权即将占领布拉格，埃尔顿全家逃到英国。18岁进入北威尔士的莱达尔学校就读，两年后取得该校数学、历史和德语助理讲师的职位，1943年还通过函授方式在伦敦大学取得古代史学位。

第二次世界大战期间，进入英国情报部门，并一直服役至1946年，军旅生活对埃尔顿产生了深远影响，他把自己的德文名字改为杰弗里·埃尔顿。战前，父亲维克托曾教授他罗马的专题历史，埃尔顿也发表了自己的第一篇文章《凯撒高卢总督的最终任期》（1946）。1947年，正式成为英国公民，在伦敦大学都铎历史学家J.E.尼尔的指导下，开始参与调查与T.克伦威尔政府有关的文件，并在1948年完成博士论文《托马斯·克伦威尔的行政工作》，这篇文章的构想是他后来历史研究工作的基础。1952年与同为历史学者的希拉·兰伯特结婚。1954年，成为剑桥大学卡莱尔学院研究员，20世纪60～70年代共计指导了70多名博士生，并连续多年主持都铎研究的研讨会。

1953年首部著作《都铎王朝的政府革命》出版，埃尔顿认为，16世纪30年代是英国政治制度改革的关键时期，是真正的革命时代。在这10年内，英国摆脱了中世纪的束缚，进入公认的现代社会。埃尔顿的新观点改变了英国史学家对都铎王朝的原有认知，在学术界引起了极大的争议。1955年，出版教科书《都铎王朝统治下的英格兰》，再一次详细阐述了他的观点，即克伦威尔的革命是英国政治制度发展史上最为重要的事件。20世纪70年代，埃尔顿在第二本教科书，即系列丛书《英格兰新历史》的一卷《改革与变革》中，以及在向皇家历史学会发表的一系列主席演讲中，开始逐渐对新观念做出让步。但仍然坚持认为克伦威尔是“一位有原则的改革者，改革了他职权范围内的一切”。此后，又撰写了一系列的政治制度史著作，包括《托马斯·克伦威尔时代宗教改革的实施》（1972）、《新英格兰史》（1977）和《英格兰议会，1559～1581年》（1986）。还参与《剑桥近代史》第二卷的修订。

埃尔顿是传统史学方法的坚定捍卫者。《历史学的实践》（1967）被解读为对E.H.卡尔以《历史是什么》为名出版的屈威廉讲座的回应，他反对E.H.卡尔的历史相对主义观点，二人由1964年《泰晤士报文学增刊》的通信引起的有关历史本体论、认识论和方法论的争论，在当时学术界引起了极大反响，这场论战最终促进了英国史学的发展。在《政治史：原则与实践》（1970）中，埃尔顿从传统历史的立场对20世纪60年代流行的“新史学”进行反击。1991年，出版《回归本质：关于历史研究现状的一些思考》，除两篇剑桥就职演讲外，还收录了他在访问美国的大学时发表的一些演讲。埃尔顿认为历史学家的职责在于恢复关于过去的基本真相，但他忽视了这样一个事实，即没有一个历史学家能说出所有过去的全部真相，因此他必须选择和塑造，甚至在某种意义上虚构他的材料。

埃尔顿认为马克思主义历史学家对过去的解释存在严重缺陷，反对英国内战是由16、17世纪的社会经济变化引起的观点，而是认为内战主要归因于统治者的无能。1972～1976年任英国皇家历史协会主席，1983年被选为剑桥近代史钦定教授，1986年被授予爵位。1981～1990年任英国社会科学院出版秘书。格拉斯哥大学、纽卡斯尔大学、布里斯托尔大学、伦敦大学、格丁根大学和剑桥大学都曾授予他荣誉学位。