陕西华县人,卒于北京。中国古生物学会、中国地质学会副理事长及理事长,九三学社中央委员,第一、二、三、四、五届全国人民代表大会代表,莫斯科自然博物学会国外会员,美国古脊椎动物学会名誉会员和英国林奈学会国外会员。
1923年毕业于北京大学地质系,同年赴德国慕尼黑大学学习古脊椎动物学,1927年获哲学博士学位。留学期间,到欧洲众多博物馆参观学习。1928年回国,进入中国地质调查所,主持周口店猿人遗址的发掘和研究工作。1929年任中国地质调查所新生代研究室主任,后又兼任北京大学、北平师范大学(今北京师范大学)、重庆大学教授。1935年中国博物馆协会成立,杨钟健当选为执行委员。中国地质调查所陈列馆南迁后,杨钟健筹建北平分所陈列馆,采集标本,扩大展室,维持开放。1948年当选为中央研究院院士,同年被聘为西北大学校长。1949年后,历任中国科学院编译局局长、中央自然博物馆筹委会委员。1962年北京自然博物馆正式命名,杨钟健任馆长,重视科学研究,热心人才培养,倡导发展全国自然博物馆事业。
杨钟健的研究涉及古生物、古人类、考古学及博物馆学等领域,一生发表学术论文500余篇,出版专著及科普文集20多种。博物馆学文章有《论陈列馆》《泛论地质陈列馆》《地方志及地方陈列馆与地理教育》《关于陈列馆的意见》《记纽约自然历史博物馆》《美国地质机关谈》《恐龙之号召力及其研究之困难》《论自然实物之有计划采集之重要》等。杨钟健是中国自然历史博物馆的拓荒人。