通常包括表彰与奖励、教育与指导、控制与处罚等措施。

中国人民解放军早在红军时期就提出过具体的奖惩措施。抗日战争和解放战争时期，继承和发扬了红军卫生工作的光荣传统，组织部队广泛开展群众性卫生运动，组织相互参观，竞赛评比，通报批评和表扬，把“部队卫生制度”作为卫生纪律在部队中贯彻执行。中华人民共和国成立后，军队建立健全了各种卫生防疫法规、制度和标准，1986年总参谋部、总政治部、总后勤部发布《中国人民解放军执行 <中华人民共和国食品卫生法（试行）> 暂行管理办法》，开始了军队卫生执法监督工作,卫生监督处理措施得到了完善；1999年总参谋部、总后勤部印发了《军队卫生监督规定》，规定的卫生监督处理措施包括行政控制、行政处罚、纪律处分、追究刑事责任等，使军队卫生监督处理工作得到了进一步的规范。

军队卫生监督处理措施的实施，必须以卫生法律、法规为依据，遵循公正、公开的原则，坚持处罚与教育相结合、奖励与处罚相结合是军队卫生管理的成功经验。部队按照《中国人民解放军内务条令》的要求经常组织卫生检查评比，颁发卫生流动红旗。

依据《军队卫生监督规定》，军队卫生部门和卫生监督机构为了排除可能或者既成事实的危害或危险，可依法采取临时控制措施，包括立即责令停止生产供应，扣留和封存产品、工具和用具，封闭场所，销毁被污染的食品、原材料，清洗消毒被污染的设备、工具和容器,控制或隔离相关人员等，从而使发生或者可能发生的食物中毒、生活饮用水污染、公共场所污染、职业病危害事故、传染病暴发流行等危害不致发生或扩展。组织实施临时控制措施时应填写卫生行政控制文书，经领导批准后执行，危机解除后及时撤销控制。依照《军队卫生监督规定》，军队卫生部门和卫生监督机构对违反卫生法规的军队单位和个人可以给予卫生行政处罚，包括限期整改、警告、停业整顿、收回许可证和通报批评等；对负有直接责任的主管人员和其他人员，依照《中国人民解放军纪律条令》和国家有关法律法规，给予处分，构成犯罪的，依法追究刑事责任。实施行政处罚、纪律处分和追究刑事责任时，卫生监督员必须按规定程序出具相关卫生监督文书。