起源于俄沙皇亚历山大二世于1876年5月7日下令圣彼得堡河艇俱乐部举办的航海培训班。1902年5月6日，沙皇尼古拉二世在航海培训班基础上成立航海学校。随后该校几经并校、几次改名。1944年，由苏联国防委员会下令升格为列宁格勒高等海运学院；1954年，以苏联著名海军上将马卡洛夫命名为马卡洛夫高等海运工程学院；1990年，更名为马卡洛夫国立海运学院；2012年9月11日，俄罗斯联邦运输部长签署了第341号令，将马卡洛夫国立海运学院与圣彼得堡国立水运交通学院合并，联合成立马卡洛夫国立海事大学。

马卡洛夫国立海事大学（俄罗斯）

共设7个院系，分别为航海系、轮机系、电气工程系、无线电工程系、国际运输管理系、极地系和海商法系。全日制大学各专业一般为5年或5年半，毕业时授予大学毕业证书，无学位证书。在其各专业都招收博士生（即副博士，俄罗斯一般将其副博士等同于外国博士），但人数不多，每年只招生十几人。由于其专业基本上是航海类专业，故其博士生大都是该校和俄罗斯其他海运院校的教师。多年来，该校也培养了来自波兰、德国、保加利亚、古巴、中国、越南、朝鲜、叙利亚和伊朗的博士生。

航海系（Navigation Faculty）是该校历史最长的系，只设一个航海专业，学制5年半。该专业学生除接受航海培训外，还要接受普通高等教育和无线电通信培训以及专门的英语培训。学生在校期间要到学校机帆船“米尔”号和俄罗斯或外国航运公司的商船上实习。该系毕业生获得航海专业毕业证书、值班驾驶员适任证书及政府签证等。

轮机系（Marine Engineering Faculty）只设一个船舶动力装置操作专业，学制5年半，有两个专业方向，即动力装置操作和核动力装置操作。该专业学生在校期间到商船和核动力破冰船上进行两次培训，在第二次船上培训后学生获得机工证书。该系毕业生获得机械工程专业毕业证书、值班轮机员适任证书及政府签证等。

电气工程系（Electric Engineering Faculty）只设一个电气工程专业，学制5年半。该专业有三个专业方向，即电气设备与船舶自动化设备操作、核动力船电气设备与船舶自动化设备操作、核动力船测试与控制装置操作。该专业学生在校期间要到商船、核动力破冰船、水上站、船厂去实习。学生在船上实习后获得船舶电工证书，毕业时获得电气工程专业毕业证书、三等船舶电机员适任证书及政府签证等。

无线电工程系（Radio Engineering Faculty）下设运输无线电设备技术操作专业和无线电工程专业，学制5年半，同时设有三个较窄的专业方向，即商船无线电通信与电子航海、国际运输信息和无线电通信系统、安全与报警信号系统与设施。该专业学生在校期间要上航运公司的商船、学校机帆船“米尔”号、计算机中心和岸基企业去实习，毕业时获得无线电工程专业毕业证书和无线电电子工程师国际证书等。

国际运输管理系（International Transport Management Faculty）是俄罗斯高校同类系中历史最长的，只设一个航运业务与水上运输管理专业，学制5年。该专业有6个专业方向，即策略管理、财务管理、多式联运和物流学、海上运输管理、外贸业务与租船、水上运输法律与商务。该系学生毕业后到航运、货代、租船、理货、代理公司以及外贸的运输部门工作。

极地系（Arctic Faculty）是该校历史最长的系之一，已设立60多年。该系下设水道测量学专业，学制5年半。该专业有两个专业方向，即无限航区水道测量船操作与船舶引航、航海的水文气象学支持。学生在校期间要通过实践教学掌握大地测量学、水道测量学、电子地图制作、航海等专业技能。该系学生毕业时获得水道测量工程专业毕业证书，毕业后参与世界海洋考察、大地测量和水道测量工作。

海商法系（Maritime Law Faculty）是一个较为年轻的系。该系的组建旨在从法律领域为水上交通运输提供培训与支持。

其他教学单位还包括：基础部、函授夜大部、军事教育部、特殊教育部、高级培训部、马卡洛夫培训中心、水上训练基地等。此外，在埃及设有分校。

于1995年成立的马卡洛夫培训中心（Makarov Training Centre; MTC），开设三大类共30多门培训课程。第一类是《海员培训、发证和值班标准国际公约》（STCW）规定的强制性培训课程；第二类是面向船舶和航运公司人员开设的自选培训课程；第三类是对某种类型船舶、使用某种特殊设备的人员进行培训，或应船东和船员公司要求开展的培训。

学院拥有一艘名为“米尔”的实习船。“米尔”号是一艘大型机帆船，1987年在波兰建造，总长110米、宽14米，最大吃水7米，排水量2256吨，主机总功率1100马力，可载船员和学员总数199人。“米尔”号机帆船自1988年使用以来，不仅为该校航海类专业学生进行素质培养和实践教学培训发挥了巨大作用，而且在培训用机帆船国际比赛中多次获奖。

《水运大学学报》是该校的代表性学术刊物。