中国航海高等教育发轫于上海。1958年9月，上海海运局、上海船舶修造厂联合备文请示交通部（现交通运输部），建议筹建上海海运学院。1959年，交通部在上海组建上海海运学院。2000年，由交通部划归上海市管理。2004年，经教育部批准更名为上海海事大学。2008年，上海海事大学主体搬迁至临港新城（见图）。

上海海事大学校区

实行校院二级管理体制，现设有商船学院、交通运输学院、经济管理学院（设亚洲邮轮学院）、物流工程学院（设中荷机电工程学院）、法学院、信息工程学院、外国语学院、海洋科学与工程学院、文理学院（设马克思主义学院）、徐悲鸿艺术学院、物流科学与工程研究院、上海高级国际航运学院等二级办学部门。截至2017年6月，在校生共有21 000余名，其中本科生17 000余人，各类研究生3500余人，留学生700余名。拥有1100余名专任教师，其中教授156名。

设有3个博士后科研流动站（交通运输工程、电气工程、管理科学与工程），4个一级学科博士点（交通运输工程、管理科学工程、船舶与海洋工程、电气工程），23个二级学科博士点，16个一级学科硕士学位授权点，60个二级学科硕士学位授权点，12个专业学位授权点，48个本科专业。设有水上训练中心，拥有万吨级集装箱教学实习船“育锋”轮，4.8万吨散货教学实习船“育明”轮。

2008年，上海市教育委员会、上海市城乡建设和交通委员会、上海海事大学、虹口区人民政府等20多家单位共同发起成立上海国际航运研究中心，挂靠上海海事大学。该中心是国际航运业发展的研究和咨询机构，为政府和国内外企业与航运机构等提供决策咨询和信息服务。

2006年，经教育部批准，上海海事大学与荷兰泽兰德大学联合举办国际合作办学项目，包括电气工程与智能控制（中荷合作）以及机械电子工程（中荷合作）两个本科专业，招生纳入全国高等学校秋季招生计划，学制4年，于2007年首次招生。自2010年起开设国际班，邀请美国、韩国、波兰、俄罗斯、德国等国家航海院校的学生来校学习航海技术、航运管理等专业。2011年，经教育部批准，与加纳中西非地区海事大学合作举办“物流管理”本科教育项目，并开始在非洲招生，这是上海市地方高校第一个颁发中国高校本科文凭的海外办学项目。自2004年起，上海海事大学与世界海事大学联合开办国际运输与物流硕士项目，学生修完全部课程、考试合格并通过论文答辩，可获得由世界海事大学颁发的国际运输与物流硕士学位证书。

致力于培养国家航运业所需要的各级各类专门人才，构建了具有鲜明航运特色的人才培养模式和体系。自建校以来向全国港航企事业单位及政府部门输送了大量优秀毕业生，被誉为“高级航运人才的摇篮”。

代表性的学术刊物有《上海海事大学学报》（季刊）、《水运管理》（月刊）和《集装箱化》（月刊），均具有鲜明的航运特色。