“爱沙尼亚”号滚装客船由德国迈耶造船厂（Meyer Werft）于1980年建造完工，船长155.4米、宽24.2米、吃水5.6米，满载排水量15600吨、航速20节、主机功率22000匹。船上拥有503间客房，其中有8个豪华间，可容纳2000名乘客。

1993年7月份以前，该船一直悬挂芬兰国旗，在北欧水域从事客货运输。1993年7月28日，在爱沙尼亚进行船舶登记，命名“爱沙尼亚”，从事爱沙尼亚首都塔林至瑞典首都斯德哥尔摩之间的客货运输。1994年9月27日，19：15，“爱沙尼亚”号滚装客船，按照航行计划，离开塔林前往斯德哥尔摩。船上装载989人，乘客803人。

船舶离开港口后，四台主机全速运转，直到事故发生。当日天气阵雨，能见度良好，偏南风8～10米/秒（5级风）。20时，船舶驾驶台由二副B和三副值班（船舶每班有二人值班）。船舶航行正常。爱萨尼亚沿岸海面中浪，离开遮蔽水域后海浪逐渐变大。由于受配载和风的影响，船舶有一点左倾。随着航行的继续，风向转为西南，风力增强到8级，海面浪高3～4米。船舶纵摇、横摇逐渐加剧，部分乘客开始晕船。

28日0：25，船舶转向，使得船首左前受浪，船舶横摇增大，防摇鳍放出以减小船舶横摇。凌晨1时前，值班水手在按照计划巡查过程中，当船舶遇到大浪时，听到船首位置有金属碰撞声。马上报告二副B，二副B指示水手找出发出金属碰撞声的原因。水手按照指示进行检查，没有发现问题。凌晨1时，驾驶台换班，由二副A和四副值班。大约1：05，水手又被派去汽车舱，查找产生噪声原因。随后水手电话通知驾驶台，他无法到达汽车舱。

1：15，船首罩与船首分离，船舶滚装桥被拉开，使得大量海水进入汽车舱。船舶快速向右大角度倾斜，并向左转向，逐渐慢下来。乘客开始涌向楼梯，出现恐慌。大部分乘客被困在房间，没能及时逃离。船员向来到甲板的乘客发放救生衣。甲板上的人员跳进或被海浪冲进大海，部分人员爬上放到海里的救生筏。由于船舶横倾严重，没有放下救生艇。

1：20，一个女性声音通过船舶公共广播系统，用爱沙尼亚语发出警报。随后，船舶发出弃船警报。1：22和1：24，船舶两次向外界发出求救呼叫，有十四个船舶和岸上电台收到求救信息，其中包括土尔库（Turku）海上搜救协调中心。

在船舶发求救信号期间，船舶的4个主机停车，随后，主发电机停止发电，应急发电机自动启动，提供应急供电。这时船舶横躺着漂浮在海面。船舶右倾的增加使得海水进入生活区，加速了船舶右倾。大约1：30，船舶右侧淹没。最后，船舶倾斜超过90°，快速下沉。1：50，船舶全部沉入大海。

搜救行动由土尔库（Turku）海上搜救协调中心负责展开。大约“爱沙尼亚”号沉没一个小时后，4艘附近航行的客船到达事故现场。第一架搜救直升机3：05到达现场。经过3天的搜救，救起138人，随后1人死在医院里。打捞上92具尸体。大部分失踪人员都随船舶沉到了海底。

“爱沙尼亚”号海难事故发生后，成立了联合事故调查委员会。委员会经过长达3年的调查，于1997年12月3日向有关方面递交了长达228页的事故调查报告。报告详细陈述了事故的事实，分析了事故发生和造成大量人员死亡的原因，提出了改进安全的建议。在没有相应规范的情况下，船首罩和船舶滚装桥的设计和建造不满足实际受力和受力分布的需求。船舶遭遇船首大浪冲击时，船首罩的链接装置断裂，船首罩脱落引起船舶滚装桥打开，大量海水进入汽车舱，使得船舶稳性丧失，造成船舶快速倾覆沉没。船舶突然迅速倾覆，船员没有有效及时组织乘客撤离，以及救生设备的问题，是造成大量人员死亡的主要原因。

“爱沙尼亚”号事故发生仅仅5天后，国际海事组织便成立了客滚船安全专家组，对客滚船的安全要求进行全面审议，在最短的时间内完成了1974年《国际海上人命安全公约》（SOLAS公约）的修正案。1995年，在SOLAS公约缔约国的外交大会上，通过了一系列旨在提高客滚船安全的修正案，包括客滚船稳性、消防、航行安全要求等。1995年，外交大会上制定的工作计划如船舶自动识别系统（AIS）、船载航行数据记录（VDR）、乘客疏散和逃生路线等现均已完成。