船舶安全管理体系源自国际海事组织于1993年11月通过的《国际船舶安全营运和防止污染管理规则》（简称《国际安全管理规则》）。按照规则的定义，船舶安全管理体系是指能使公司人员有效实施公司安全和环境保护方针的结构化和文件化的体系。

在《国际安全管理规则》出台之前，国际海事组织制定的公约或规则都是针对船舶或船员的，但一段时期的海上事故调查统计表明，船公司在安全与防污染管理方面的不规范是导致事故的主要原因，因此，有必要运用标准化、现代化的安全和防污染管理模式以改变船公司传统、落后的安全管理方式。《国际安全管理规则》的核心内容就是要求船公司建立并运行安全管理体系，以科学、规范的体系化管理来提高船舶安全管理水平。

《国际安全管理规则》规定：每个公司均应建立、实施并保持包括以下功能要求的安全管理体系：①安全和环境保护方针。②确保船舶的安全营运和环境保护符合国际和船旗国有关立法的须知和程序。③船、岸人员的权限和相互间的联系渠道。④事故和不符合规定情况的报告程序。⑤对紧急情况的准备和反应程序。⑥内部审核和管理复查程序。

船公司及其船舶建立的安全管理体系，需要取得海事主管机构签发的“符合证明”和“安全管理证书”。在证书的有效期内，船公司及其船舶在运行安全管理体系的过程中，要对其安全和防污染管理行为及体系本身进行内部审核，改进存在的缺陷；海事主管机构也要对船公司运行体系的情况进行定期的外部审核；形成“建立—运行—审核—纠正”的循环上升，以达到不断提高安全管理水平的目的。

国际海事组织的调查研究表明，建立和运行安全管理体系能够显著提高人员的安全意识，形成了新的船舶安全文化。