由于一些重要的航运和贸易国家没有参加《1952年布鲁塞尔扣船公约》，影响了国际扣船法律的统一，而且有些规定已经不符合现时需要，国际海事委员会于1985年提出了《1985年关于统一扣押海船的若干规定的国际公约修订草案》。为进一步减少国际间关于扣船适用法律的冲突，联合国国际贸易法委员会和国际海事组织在《1993年船舶优先权和抵押权国际公约》《1985年关于统一扣押海船的若干规定的国际公约修订草案》和《1952年统一海船扣押某些规定的国际公约》的基础上，于1999年3月1日至12日在瑞士日内瓦召开外交大会，审议通过了《1999年国际扣船公约》。公约于2011年9月14日生效。截至2016年年底，公约缔约国共计11个。

公约共17条。主要内容包括：1.列举22项海事请求，较《1952年布鲁塞尔扣船公约》，增加了船舶对环境污染、打捞或清除残骸、港口规费、船舶保险费（包括互保会费）、代理费、船舶买卖合同争议等6方面的请求，扩大了能够引起扣船的海事请求的范围，适应了航运业发展和海洋环境保护的客观要求。2.规定只有实施扣押的缔约国法院才能扣押船舶或释放被扣押的船舶，船舶只能因海事请求而不能因任何其他请求被扣押，但为获得担保可以扣押船舶。3.规定了可扣押船舶的范围：①对其提出海事请求的船舶，如果船舶所有人负有责任且在实施扣押时仍是船舶所有人，或光船承租人对该请求负有责任且在实施扣押时是光船承租人或所有人，或请求是依据对船舶的抵押权、优先权或同样性质的权利，或请求与船舶的所有权或占有有关，或请求对船舶所有人、光船承租人、船舶管理人或经营人提出并根据扣船请求地国法律规定或产生的船舶优先权担保。②对海事请求负有责任的船舶所有人、光船承租人、定期租船人或航次租船人，在实施扣押时其所拥有的其他船舶，但与船舶的所有权或占有有关的请求除外。③并非对请求负有责任的人所拥有的船舶，如果根据扣船请求地国的法律，判决可以通过对该船的司法变卖或强制变卖执行。4.被扣押的船舶应在以令人满意的方式提供充分的担保后解除扣押，但对于与船舶所有权和占有有关的请求或船舶共有人之间有关船舶的使用或收益的任何请求，法院可允许占有船舶的人在提供充分担保后继续经营该船，或可以其他方式处理该船在扣押期间的营运。被扣押船舶的担保金额不应超过船舶价值。5.不得因同一海事请求申请扣押已被扣押过的船舶，除非就同一请求已提供的担保在性质或金额上不适当，或担保人不能或有可能不能尾行全部或部分担保义务，或请求人因合理的原因同意解除扣押或者返还担保，或请求人不能通过合理措施阻止解除扣押或者返还担保。6.扣船实施地国法院或用担保提供地国法院具有审理案件实体问题的管辖权，但各当事方有效约定或已经有效约定将争议提交接受管辖权的另一国家法院或付诸仲裁者除外。7.公约应适用于在任何缔约国管辖范围内的任何船舶，不论该船是否悬挂一缔约国的国旗，但公约不适用于任何军舰、海军辅助船或国家所有或营运的仅暂时用于非商业服务的政府其他船舶。公约不影响任何国际公约或国内法律或规则赋予任何政府或其部门、或任何公共当局、或任何码头或港口当局在其管辖范围内滞留任何船舶，或以其他方式不准其航行的任何权利或权力。8.公约的任何规定不应被解释为创设了船舶优先权。

中国没有参加《1999年国际扣船公约》，但在《中华人民共和国海事诉讼特别程序法》中借鉴了该公约的一些条款和规定。