2009年9月2日在中华人民共和国国务院第79次常务会议上获得批准通过，2009年9月9日以中华人民共和国国务院令第561号公布，自2010年3月1日起正式实施。

范围为防治船舶及其有关作业活动污染中华人民共和国管辖海域。对象为国务院交通运输主管部门主管所辖港区水域内非军事船舶和港区水域外非渔业、非军事船舶污染海洋环境的防治工作。

20世纪70年代初期，中国环境污染明显加重，国务院多次指示有关部门和地区切实采取措施防治环境污染。1972年，国家批准召开防治大连、上海等主要港口和松花江、珠江、渤海、东海等水域污染的会议。1973年8月5日，国务院在北京召开第一次全国环境保护会议，研究讨论中国环境问题，通过了中国第一部环保法规《关于保护和改善环境的若干规定》。1974年1月，国务院发布了《防止沿海水域污染暂行规定》，规定了有关船舶排放的标准和防污染设备和文书要求。

1979年9月13日，全国人民代表大会常务委员会通过并发布了《中华人民共和国环境保护法（试行）》。国务院原环境保护领导小组依据这一基本法，牵头着手草拟各项环境保护的法规，《海洋环境保护法》是其中的一项。1982年8月23日，在第五届全国人民代表大会常务委员会第二十四次会议通过，《中华人民共和国海洋环境保护法》于1983年3月1日正式施行。为实施《中华人民共和国海洋环境保护法》，防止船舶污染海域，维护海域生态环境，国务院组织制定了《中华人民共和国防止船舶污染海域管理条例》，于1983年12月29日由国务院办公厅以国发[1983]第202号文件发布，自发布之日起实施。

此后，随着海运业的快速发展，因船舶造成的对海洋环境的威胁不断增多，国际海事组织制定并出台了一系列加强防治船舶污染海洋环境的国际公约，中国也加入了多个防治船舶污染海洋环境的国际公约。因此，全国人民代表大会常务委员会根据中国保护海洋环境的实际需要和加入的国际公约的履约要求，1999年在对1983年出台的《中华人民共和国海洋环境保护法》进行修订时，增加了国家建立船舶油污保险、油污损害赔偿基金制度，以及对船舶载运油类、危险化学品等污染危害性货物的作业进行监管等内容。

为了做好防治船舶及其有关作业活动污染海洋环境工作，加强生态环境保护，建设环境友好型社会，有必要根据1999年修订后的《中华人民共和国海洋环境保护法》，以及中国加入的国际公约的履约要求，在总结防治船舶及其有关作业活动污染海洋环境的实践经验基础上，对1983年出台的《中华人民共和国防止船舶污染海域管理条例》进行全面修改，制定新的《防治船舶污染海洋环境管理条例》。该条例于2009年9月9日以中华人民共和国国务院令第561号公布，自2010年3月1日起正式实施，原《中华人民共和国防止船舶污染海域管理条例》同时废止。此后，《防治船舶污染海洋环境管理条例》分别于2013年7月18日、2013年12月7日、2014年7月9日，2016年2月6日、2017年3月1日、2018年3月19日进行了修订。

第一章总则（第一条至第九条，主要包括适用范围及对象、原则、管理单位等）。

第二章防治船舶及其有关作业活动污染海洋环境的一般规定（第十条至第十四条，主要包括港口、码头、装卸站以及从事船舶修造的单位等应承担的责任，需要具备的能力等）。

第三章船舶污染物的排放和接收（第十五条至第十九条，主要包括对船舶污染物以及船舶污染物接收单位的管理和要求）。

第四章船舶有关作业活动的污染防治（第二十条至第三十三条，主要针对载运污染危害性货物船舶的管理）。

第五章船舶污染事故应急处置（第三十四条至第四十二条，主要包括船舶污染事故等级划分、事故报告、事故应急处置工作）。

第六章船舶污染事故调查处理（第四十三条至第四十七条，主要包括不同等级船舶污染事故的调查主体，原则、流程等）。

第七章船舶污染事故损害赔偿（第四十八条至第五十五条，主要包括赔偿对象、免除责任、赔偿额度、赔偿顺序等）。

第八章法律责任（第五十六条至第七十二条，主要为违反本条例的各项处罚措施）。

第九章附则（第七十三条至第七十六条，为渔船、军船引起污染事故的调查主体及条例的实施时间）。

该条例以“防、治、赔”为主线，确立了防治船舶及其有关作业活动污染海洋环境，实行预防为主、防治结合的原则；明确了船舶所有人、经营人或者管理人，港口、码头、装卸站以及其他有关作业单位在防治船舶污染海洋环境中的主体地位；规定了海事管理机构依照该条例具体负责防治船舶及其有关作业活动污染海洋环境的监督管理。与原条例相比，新制定的条例加强了行政机关对防治船舶及其作业活动污染海洋环境的职责，补充了防治船舶及其作业活动污染海洋环境的管理规定，增加了船舶污染事故应急处置和调查处理方面的规定，完善了船舶污染事故损害赔偿方面的规定，重点建立了船舶油污损害强制保险制度、污染清除作业协议制度、船舶油污损害赔偿基金等新的污染防治制度。

在防止船舶污染海域，保护海洋生态方面发挥重要作用。对于更好的防治船舶及其有关作业活动污染海洋环境，保护沿海地区人民群众生活生产安全和海洋生态环境，建设环境友好型社会，促进海洋经济可持续发展有着积极的意义。