办事机构在理事会的领导下负责协会日常工作，协会总部设在北京。协会的主要任务是：协助政府主管部门推动两岸海上通航，促进两岸航运界的民间交流与协商，做好两岸航运界的桥梁和纽带，研究海峡两岸航运管理、合作和发展政策。执行国家和政府业务主管部门关于行业协会工作的方针、政策和规章，积极服务于政府、服务于行业、服务于会员，推进企业交流，做好行业自律，加强政策研究，提供信息服务、搭建交流平台，为交通运输主管部门关于海峡两岸航运、港口、海事、搜救、船检等方面的管理工作做好服务，提供决策建议，促进海峡两岸航运市场健康有序发展。

会员单位主要是中国涉及海峡两岸航运业务的各有关省市管理、技术、科研和企业等单位。协会自成立以来，积极发挥交通对台工作的窗口和桥梁作用，协助政府有关部门研究、制订和实施台湾海峡两岸海上通航政策，加强两岸港航界民间沟通和联络，开展两岸航运管理及政策研究，促进两岸业界交流与合作，组织了多次两岸航运管理部门间的业务会谈，召开多次海峡两岸海运论坛和航运、港口、海事、搜救合作等业务和有关问题座谈会。对推进两岸海上直航，促进两岸关系和平发展，促进两岸港口、航运企业交流合作起到了积极作用。