密西西比河干流纵贯美国南北，支流辐射东西，但在开发前自然条件并不好。干流上游水深仅0.3米；中游河段游荡不定，浅滩水深仅1.37米；下游河口拦门沙水深仅2.7米。支流阿肯色河水多分支，洪水过后河道淤塞，素有“野马”之称，水深仅0.3～0.6米；俄亥俄河有些河段河宽1英里（1.609 344千米）、水深1英尺（0.304 8米），枯水时可涉水过河；田纳西河水深条件稍好，但也只有1.37米。据历史记载，密西西比河每7年发生一次大洪水。自1927年发生特大洪水后，美国国会几乎每两年要讨论一次防洪问题，从1928年至1970年，总共通过了23个防洪法令。经1824年尤其是1928年以后的长期治理，水系航道才有根本改善。

密西西比河水系航道简图

密西西比河的治理以防洪为主，兼顾航运、发电、灌溉、旅游、生态平衡和环境保护，经过总体规划，综合治理，干支并举，分期实施，对干流上游和主要支流实行移级渠化，对中下游进行整治和疏浚，已形成江、湖、河、海相连，干支畅通无阻，四通八达的航道网。北部经伊利诺伊水道以及芝加哥运河同密歇根湖乃至五大湖相通，然后沿圣劳伦斯水道东出大西洋；往南有南水道、西南水道、密西西比河-海湾出口水道3个出海口直通墨西哥湾；在河口附近又同墨西哥湾岸内沿海运河连接，形成江河湖海相连的航道网。经过长期治理，密西西比河干支流航道里程2.59万千米，其中近一半达到了2.74米的标准水深。

密西西比河治理的突出特点是对上游和主要支流全部实行连续渠化，总共建有100多个梯级。其中，上密西西比河，从与俄亥俄河的汇合处起至明尼阿波利斯，长1374千米，水位落差121米，建有29个梯级；俄亥俄河系，干流从与密西西比河汇合处凯罗起至匹兹堡，长1578千米，建有20个梯级；阿肯色河，从塔尔萨到河口，长721千米，水位落差128米，建有17个梯级；田纳西河，干流长1046千米，水位落差151米，建有10个梯级；伊利诺伊水道，连接密西西比河和密歇根湖，长574千米，水位落差60米，建有7个梯级；下密西西比河，从俄亥俄河口凯罗至近墨西哥湾处的汊道口，长1529千米，为一开敞式水道，无船闸。

密西西比河运输的重要特点是分节驳顶推船队运输非常发达，船队规模和技术水平为世界之冠。船舶标准化也很完善，驳船使用最多的是907吨级、1360吨级和2720吨级，推船动力使用最多的是2000千瓦、3000千瓦和4000千瓦。密西西比河上游和主要支流可以通航由8～15艘千吨级分节驳舶组成的1万～2万吨级顶推船队，下游可以通航由15～25艘千吨级分节驳船组成的2万～3万吨级顶推船队，下游河口航段可通航30～45艘千吨级分节驳船组成的4万～6万吨级顶推船队，最大可达8万吨级。密西西比河已成为美国内河运输的大动脉，以密西西比河为主干的美国航道网的发展，使美国内河货运量从1965年的约9.52亿吨增长到2003年的7.52亿吨，同期货运平均运距从478千米延长到735千米，其中密西西比河水系完成的货运量一直占2/3左右。内河运输的独特优势在密西西比河水系得到了充分发挥。

密西西比河在美国经济和社会发展中具有重要地位和作用。密西西比河流域是美国重要的工业生产基地和城市密集地带。密西西比河两岸工厂林立，形成了一些“钢铁走廊”和“化工走廊”等工业走廊，美国80%以上的钢铁厂、90%以上的冶炼厂都在河流两岸，使密西西比河成为美国工业的“生命通道”。美国150个10万以上人口的城市中有131个在密西西比河边，密西西比河运输是流域经济和美国社会发展的重要支撑。