极大似然估计和与之相关的似然比检验是经典统计学中最重要的内容。在系统发生分析中，极大似然法既用于估计进化模型中的参数，也用于估计树的拓扑结构。通过对枝长和核苷酸替代模型中的参数进行优化，得到每棵树的对数似然函数值，并以此对不同的树进行比较。似然比检验大量地用于在树拓扑结构已知或固定的情况下进行与进化过程相关的假设检验。
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统计学中以最大化似然函数来估计模型参数的一种参数估计方法。似然函数为给定模型参数时观察到数据的概率。又称最大似然法。
极大似然估计和与之相关的似然比检验是经典统计学中最重要的内容。在系统发生分析中，极大似然法既用于估计进化模型中的参数，也用于估计树的拓扑结构。通过对枝长和核苷酸替代模型中的参数进行优化，得到每棵树的对数似然函数值，并以此对不同的树进行比较。似然比检验大量地用于在树拓扑结构已知或固定的情况下进行与进化过程相关的假设检验。
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