生于印度尼西亚爪哇岛，卒于荷兰莱顿。1878年进入荷兰乌德勒支大学学医。毕业后曾在眼科医院当助理，后在解剖学家W.科斯特的指导下完成《关于肘关节的几点看法》一文，在生理学家F.C.唐德斯和物理学家C.H.D.白贝罗指导下完成博士论文《色差实体镜》。1885年被聘为莱顿大学教授，1886年取得全科医生资格。1892年发表《用一种新方法研究支气管肌肉的功能及神经性哮喘》一文，获得业内充分肯定。之后，他开始研究光学，1898年发表《各种几何光学错觉的简单生理学解释》，1902年发表《人眼的调节》。1887年，英国生理学家A.D.沃勒用毛细管静电计记录了心动电流图，但需要复杂的计算才能得到结果。1895年，爱因托芬决心在此基础上开始心脏活动的电流研究。为解决稳定性和避免烦琐的校正计算，他借鉴达松伐耳（d’Arsonval）高频电流计，把仪器中的可动线圈改进为极细石英线，设计了弦线电流计。1903年，他确定了心电图的标准测量单位，即纵坐标为电压差，1毫米代表0.1毫伏；横坐标为时间轴，1毫米代表0.04秒；用P、Q、R、S、T、U标记心电图上的各种波。按照爱因托芬的设计，第一台样机于1908年问世，第一台台式样机于1911年研制成功。弦式电流计的问世为研究心肌功能和心脏疾病带来新气象。

因发明心电图描记器，爱因托芬获得1924年诺贝尔生理学或医学奖。