强碱如氢氧化钠（NaOH）和氢氧化钾（KOH）能破坏细胞膜、核膜，并使与DNA双链紧密相连的组蛋白分开和变性。当加入中和液后，DNA分子能够迅速复性，呈溶解状态，离心时留在上清液中而细胞碎片和蛋白质等不变性呈絮状，离心时沉淀下来，可用于提取总DNA。当使用的强碱浓度不高时，可使细胞膜、质体膜破坏，DNA变性，而不使组蛋白和染色体DNA分离，当加入中和液后，质粒DNA分子能够复性溶解，蛋白质与染色体DNA不变性，离心时沉淀下来，可用于提取质粒DNA。碱裂解法需要的仪器较少，只需要高速离心机和移液器，实验周期短，一般为10～30分钟，操作简便，已广泛用于质粒DNA提取，也可用于动植物样本的总DNA提取。

碱裂解法是质粒DNA提取的基本方法。分离出的DNA完整性好，得率高，已广泛用于质粒DNA提取试剂盒。同时，碱裂解法对硅胶膜离心柱兼容性好，经硅胶膜离心柱可进一步提高提取的DNA质量。由于碱裂解法操作极为简便，对细胞壁的破碎效果好，不需要大型仪器，且不需要使用酚等有毒试剂，在动植物DNA快速提取和现场检测方面显示出良好的发展和应用前景。