基因芯片（gene chips）又称DNA芯片或生物芯片。基因芯片鉴定主要包括三个环节：点样、杂交和结果分析。基因芯片鉴定的工作原理与经典的核酸分子杂交如Southern和Northern印迹杂交一致，都是应用已知核酸序列与互补的靶序列杂交，根据杂交信号进行定性与定量分析。经典杂交方法固定的是靶序列，而基因芯片鉴定固定的是已知探针，因此基因芯片可被理解为一种反向杂交。基因芯片能够同时平行分析数万个基因，进行高通量筛选与检测分析，弥补了传统核酸印迹杂交技术操作复杂、自动化程度低、检测目的分子数量少等不足。基因芯片鉴定具有一定的特异性，而且荧光信号的强度还与样品中靶分子含量呈一定的线性关系。利用基因芯片进行鉴别的前提条件是已获取不同的待检测样本的特异性基因序列，即基因分型；再以这段特异性的碱基序列作为探针，用原位合成法或合成点样法将探针固定到支持物上，将经过提取、扩增和标记的药材样品与芯片进行杂交，最后用激光共聚焦显微扫描技术等手段对杂交结果进行检测以确定真伪。

基因芯片鉴定是一种大规模、高通量检测技术，其优点包括：①高度的灵敏性和准确性；②快速简便；③可同时检测多个物种或基因变异，尤其是大规模和高通量的特点使同时鉴别成百上千个物种成为可能。采用基因芯片鉴定可实现利用少量材料获得较为全面的遗传信息，进行DNA鉴定。但该技术也存在一些缺陷，主要为基因芯片的特异性有待于进一步提高，灵敏度有待于加强，集成化样品制备、基因扩增、核酸标记及检测仪器的研制和开发能力需要提高。随着工程学、物理学、微加工技术的发展，基因芯片技术仍显示出很好的发展潜力。同时，微流控芯片技术集DNA提取、扩增和检测于一体，使得基因芯片鉴定有望实现现场应用。