二维分子标记法具体思路包括两方面：首先是中药的“真伪”鉴定方面，中药材脱氧核糖核酸（DNA）—分子标记技术（包括DNA条形码技术）—中药材及其基原植物的真伪鉴定；其次是中药的“优劣”鉴定方面，中药材DNA或者核糖核酸（RNA）—功能基因（包括功能基因编码区、非编码区）的序列变异及特征（核苷酸水平、氨基酸水平）、表达水平和酶活性差异等—有效成分“有无”“含量高低”的药材基因型的鉴定。

中药材真伪、优劣的科学内涵与DNA的差异有关，主要体现在两个方面：种及以上水平的差异通常用于解决中药的真伪问题和多来源问题；种以下的水平，包括不同居群和株系间的差异，则常用于解决中药品质的优劣问题。无论是种及种以上水平还是种以下水平，中药植物均存在着DNA信息间的差异，主要表征为叶绿体DNA、核DNA、线粒体DNA及功能基因DNA等碱基排列顺序的差异。中药材真伪、优劣二维分子标记的基本原理就是根据这些DNA信息间的差异特点，设计出基于聚合酶链式反应（PCR）技术、分子杂交技术和测序技术的检测方法，将DNA差异位点或碱基检测出来，再结合统计学方法，系统分析由DNA差异所表达出来的“表型”，包括药材性状差异和品质差异，在此基础上为各差异药材贴上DNA“分子标签”。 

二维分子标记法既利用了常规分子标记对中药真伪鉴定的功能，又结合了功能基因在药材品质形成过程中的关键作用特点；既发挥了常规分子标记方法在种以上水平的鉴定优势，又强调了功能基因在种以下水平的不同居群间或株系间药材品质优劣表征过程中的独特作用，达到了对中药材及其基原植物真伪和优劣的二维系统鉴定和评价的目的。二维分子标记法的优势和特点主要集中于：①具备对中药材定性与定质的双重标记优势；②具有真伪、优劣鉴定非时限性的特点；③具备发现具有中药材优良性状的隐性品种的优势。