用生药显微操作器可在显微镜下对细胞进行细微的手术和化合物注射，也可以通过微型抽气泵将细胞内含物吸出并收集到微型试管收集器中。利用显微操作器，可将细胞内的化学成分从组织切片中吸取出来，然后用色谱技术等进行相关分析。该法直接从细胞中获得化学成分，无需对样品进行提取，可连续观察某部位化学成分随时间的变化，所需样品量少。

利用激光显微切割器可准确获得某一特定组织或细胞、细胞群乃至细胞后含物，再经现代仪器分析研究这些获得的特征性对象中所含的化学成分，可以科学、客观、准确地绘制出其化学特征。液质联用技术，既具有液相色谱对复杂样品的较强分离能力，又包含了质谱高灵敏度、高选择性，以及能提供相对分子量和丰富的结构信息的优点，能满足样品量小却组成复杂的细胞内成分的检测要求。因此，将激光显微切割和液质联用技术相结合，可实现组织与特定细胞内微量成分的定性、定量分析，从而建立中药有效成分与显微组织特征的关系。如应用激光显微切割器与超高效液质联用技术分析不同产地，以及干、鲜的大黄样品，均显示蔥醌类化学成分主要分布在大黄的木射线细胞中。再如应用激光显微切割器与超高效液质联用技术分析不同产地和不同品种来源的柴胡样品，均显示柴胡皂苷主要分布在柴胡的木栓层和皮层。又如应用激光显微切割器与超高效液质联用技术分析人参样品，发现人参皂苷主要分布在人参的木栓层。

将传统的显微鉴定与现代的科学手段相结合，科学地诠释显微组织结构与其内在化学成分之间的相关性，实现通过显微鉴定对药材的品质进行科学评价，有助于拓展显微鉴别的应用，实现药材优劣的鉴别。