中药供试品中的物质一般分为：有效成分或活性成分、指标成分、辅助成分、杂质和基质等。在多数为未知成分的情况下，成分的标定、分离程度的评价和化学成分的全显示等都不能得到较好的满足，因此，指纹图谱方法的特征性应从中药所包含的成分群入手，根据相应的样品理化性质，确定一定的分离分析方法和检测手段。

生药指纹图谱的峰数、峰位、峰序、峰强、峰形等形成的图谱特征性能够反映复杂化学物质成分分布的特征信息，以及与特征成分相关联的生物活性信息。生药指纹图谱的特征性能直观显现图谱的特征，如峰数、峰位、峰序、峰强和峰形所形成的分区特征，并隐含了峰强比例反映的典型成分含量分布特征。特征性是快速鉴别中药真伪、优劣的直观手段，特征性化学成分群是生药指纹图谱专属性的重要前提。如色谱指纹图谱中，一般认为在分离峰越多、大多数成分均能有响应的情况下，可用典型的色谱图来证明其特征性，并尽可能在图上恰当地标出可确定的成分。具体的方法特征性可考虑采用峰纯度、总峰响应值、容量因子分布、最难分离物质对的分离情况、总分离效能指标等为考察参数。

生药指纹图谱对生药中复杂化学物质组成进行良好分离后，所获得的检测条件为实现多指标成分的同时准确含量测定提供了重要基础。生药的单指标和多指标微观精确定量分析，是利用研究整体时采用还原的方法，即分割的方法，是研究复杂性科学的一种重要方法。利用指纹图谱可实现对于特征活性组分群的同时准确定量分析，在局部上完全能够实现微观精确性定量分析，甚至可以解析每个化学指纹峰对定性相似度和定量相似度的精确贡献，是指纹图谱微观精确性的体现。