在矿物学上，自然界的绝大部分矿物是由晶体（结晶质）组成的，少数是由非晶体（非晶质）组成的。晶体（结晶质）和非晶体（非晶质）本质上的区别是组成物质的质点是否作有规律的排列。凡是质点呈规律排列者为晶体，反之为非晶体。

矿物药中，天然矿物类的生药，都符合矿物学上严格意义的矿物或矿物集合体的定义，都是晶体，如石膏、雄黄、朱砂等；部分矿物加工品，成分纯净，具有晶体结构特征，也是晶体矿物，如芒硝、胆矾等。

化学组成和晶体结构是每种矿物的基本特征，是决定矿物形态、物理性质和成因的根本因素，也是矿物分类的依据。晶体矿物都具有特定的晶体常数。根据晶体常数的特点，可将晶体分为七大晶系：等轴晶系、四方晶系、三方晶系、六方晶系、正交晶系、单斜晶系和三斜晶系。由于不同晶系的晶体内部质点排列不同，其所表现出的几何外形特征也不同。

对矿物晶体结构的鉴定是鉴定晶体矿物的核心依据。X射线衍射法可以准确地鉴别不同结晶型矿物，是鉴定晶体矿物药的最重要手段。

矿物的物理性质取决于它的化学成分和晶体结构，并体现着一般晶体所具有的特性──均一性﹑对称性和各向异性，因此，物理性质也是鉴别晶体矿物药的重要方式。颜色、光泽、透明度、硬度、解理、比重和磁性等都是矿物肉眼鉴定的重要标志。