切片时可根据需要，将生药进行取材、软化、固定、脱水、冷冻、包埋、染色等处理，制成10～20微米厚的薄片，用于光学显微镜观察；或制成40～50纳米的超薄片，用于透射电子显微镜观察。

光学显微镜的观察，对于根、根茎、茎藤、皮、叶类等，一般制作横切片，必要时制备纵切片；果实、种类需制作横切片及纵切片；木类需观察三维切片（横切、径向纵切及切向纵切）。切片方法包括：徒手切片法、滑走切片法、石蜡切片法、冰冻切片法等。其中以徒手切片法最为简便、快速。手切的薄片为了能够清楚地观察组织构造和细胞及其内含物的形状，必要时把切片用适当的溶液进行处理和封藏。

透射电子显微镜所采用的电子束穿透力弱，样品必须制备成超薄切片；因为电子束打击样品易变形，所以要对样品进行固定、包埋处理；样品是在高真空的条件下观察的，所以样品要进行脱水处理；同时，为了增加反差，使图像更清晰，还要对样品进行重金属染色；而且，因为电子显微镜的放大倍数很高，所以样品取材也小。

透射电镜超薄切片的常规制备流程大体为：①取材。按“快、小、轻、准、冷”的原则，在尽可能短的时间内将≤1毫米³的样品放入固定液。②前固定。2%～5%戊二醛，4℃冰箱保存1小时。③清洗。磷酸缓冲液10～15分钟，3次。④后固定。1%锇酸1～2小时，4℃冰箱保存。⑤清洗。同③。⑥脱水。酒精/丙酮梯度脱水，50%、70%、80%、90%，各10～15分钟/次，100%，10～15分钟/2次。⑦浸透。包埋剂浸透3小时（可过夜）。⑧包埋。用包埋剂将样品包埋在胶囊或包埋板里。⑨聚合。置于烤箱，37℃，24小时；45℃，24小时；60℃，24小时⑩超薄切片。用超薄切片机将样品切成厚约50纳米的超薄切片。⑪电子染色。醋酸铀30～40分钟，柠檬酸铅30分钟。⑫电镜观察。