生药显微摄影的影像质量取决于：样本制作质量；显微镜性能；摄影装置性能；操作者技术水平。

与普通摄影不同，显微摄影的对象是显微镜视野中的物像。所有的显微镜都可以配备显微摄影功能，可见光（明视场、弱视场）显微镜、荧光（紫外、红外）显微镜、激光共聚焦显微镜、光谱显微镜、电子显微镜等，都可进行显微摄影。

传统相机与显微镜的组合已较少使用，数码相机、专业CCD等摄影装置得到了广泛应用。

数码显微图像分析系统常用配置为：研究级显微镜，专用摄影头，图像采集模块；摄影头标准接口；计算机图像工作站。

生药显微鉴定对成像质量的要求为：追求分辨率、色彩还原；追求敏感度；可进行定量分析，图像可比性好。

显微摄影基本操作程序包括：①选定条件、清理光路相关部件；②调整光轴中心－灯丝、聚光镜对中；③调整聚光镜位置、电压、光阑、滤光片，以达到最佳照度和色温；④调整载物台、焦距，选择摄影区域；⑤拉动分光棱镜推杆，切换显微镜光路；⑥对照电脑屏幕图像，调节显微镜微调旋钮，使显示图像达到清晰为止；⑦利用软件功能键（白平衡、对比度、曝光时间、增益等）进一步提高图像质量；⑧摄影；⑨加注标尺；⑩按所用软件定义格式储存图像。