生药显微图像分析是发挥数码显微摄影技术（digital microscopy photography）的成像优势，使中药材的组织或粉末样品中的显微特征的成像结果可以以彩色照片的形式输出，并利用计算机系统来分析图像的方法。它可以实现类似于人类视觉系统的理解和分析外部环境的功能。此方法研究的主要内容包括对给定的图像的分析，由于应用计算机技术可以按照不同的研究目的对图像进行一定程度的修正和结构分析，也包括对信息的测量、特征信息的提取和识别、分析等功能。而鉴于对显微镜下所获得的图像可以进行分析和处理的功能，也被称为计算机显微图像分析技术。

在生药显微鉴定中使用计算机图像分析技术的优势，在于可以代替人工来进行烦琐的形态学测量工作，所以此技术可以显著提高工作效率，并且能够提供更加准确而客观的数据。使用计算机图像分析技术可以对生药显微图片中所观察到的显微特征结构进行描述和标准化处理，也可以将各种中药材显微特征结构的原位三维定量研究，对微特征结构进行量化处理，表示成数字化的结构特征，同时可以通过计算机系统对不同的中药材所具有的特征进行自动化的分类与识别。通过计算机图像分析技术可以分析中药材中淀粉粒的颗粒度分布、弦长分布及其具有的小波信号等，并且可以对其进行特征提取、赋值和相似度的测量工作；也可以通过计算机图像分析技术对中药材中的乳汁管面积进行定量分析，并由此来进行鉴别研究。