实验室排水系统要按所排除的污水性质、成分、被污染的程度并结合室外排水系统的情况分别设置不同的排水系统。对于实验室设备的冷却排水或其他不含无害悬浮物或胶状物、受污染不严重的废水可不必处理，直接排至室外排水管网。对于含有多种成分的有毒有害物质、可相互作用损害管道或造成事故的废水，应该与生活污水分开，做预处理使之符合国家标准方可排入室外排水管网或分流排出。对于较纯的溶剂废液或贵重试剂，宜在技术经济比较后回收利用，排放的废水如需重复使用，应做相应的处理。对于放射性同位素实验室的排水系统，应将长寿命和短寿命的核素废水分流，废水分流，应从洁净区至污染区，放射性核素排水管的布置和敷设，管材、附件的选择，应符合《辐射射防护规定》的规定。被机械杂质污染的污水和较清洁的设备冷却水要经回收利用后再排入室外排水系统。当实验设备、辅助设备的冷却水排水和其他排水等还带有较大的余压时，可分流排出，并在排至室外检查井时，设置消能措施。