雨水回用处理系统的工艺流程应根据收集雨水的水量、水质，以及雨水回用水质要求等因素，经技术经济比较后确定。对于以湿塘或景观水体为储存雨水设施的系统，植草沟和卵石沟可净化或渗透初期雨水，替代弃流设施，应优先采用。湿塘或景观水体的水质保持应优先选用生态净化，种植水生植物。其次采用机械净化处理设备。

雨水的水质净化应主要由水质维持或水质处理设施完成。雨水进入蓄水储存设施之前宜利用植草沟、卵石沟、绿地等生态净化设施进行预处理。较多的小区雨水只回用于浇洒绿地和路面，如雨水原水比较清洁，这时可以采用较为简单的系统流程，这种系统不设雨水清水池（箱），雨水随时取用随时净化处理，流程中往往也不设置消毒工艺。当雨水回用于空调冷却塔补水、汽车冲洗、冲厕等用水时，雨水存在与人体接触的可能，对水质要求较严，系统中应设置雨水消毒设施，并应在雨水净化处理上游投加絮凝剂，提高化学需氧量（COD）的去除率。水质净化一般采用石英砂过滤或者气浮，对于水质要求特别高的用户，可以再增加深度处理装置。