由免疫细胞合成并分泌于体液中的分子，主要包括抗体分子、补体分子和细胞因子等。

B细胞经抗原刺激分化成浆细胞产生的糖蛋白，也称为免疫球蛋白（immunoglobulin; Ig）。抗体具有中和作用、激活补体、调理和介导靶细胞杀伤、穿过胎盘以及参与超敏反应等功能。

广泛存在于机体血清、组织液和细胞膜表面的一组蛋白质，亦称补体系统。补体系统通过三条途径即经典途径、凝集素途径和旁路途径激活后，可发挥炎症反应、免疫调理和细胞溶解等作用。

由免疫细胞产生具有多种生物学功能的多肽或蛋白质，种类繁多，其主要免疫学功能包括参与免疫细胞的发育和分化、调控免疫应答强度和类型等。

表达在免疫细胞膜表面的分子，主要包括T细胞受体、B细胞受体、主要组织相容性复合体、细胞黏附分子以及细胞表面模式识别受体等。细胞表面分子是细胞间相互作用的物质基础。

表达在T淋巴细胞表面特异性识别抗原的结构，如αβT细胞可通过TCR特异性识别主要组织相容性复合体（major histocompatibility complex; MHC）-抗原肽分子复合物。

B淋巴细胞识别抗原的结构，属于膜型Ig。BCR在B淋巴细胞发育分化、成熟及抗原识别后的活化过程中起关键作用。

模式识别受体（PRR^[注]）是固有免疫细胞膜表达、识别并结合病原体相关分子模式或机体损伤相关分子模式的分子。模式识别受体与配体结合后可诱导免疫细胞表达和分泌促炎性细胞因子，在炎症反应和免疫应答中发挥重要作用。

介导细胞与细胞间或细胞与基质间相互作用的分子。黏附分子以受体-配体结合的形式发挥作用，参与细胞的信号转导、生长与分化、移性与定植等。

主要组织相容性复合体是位于脊椎动物染色体上紧密连锁并呈高度多态性的基因群。其编码产物为MHC分子，分为MHC-Ⅰ类、MHC-Ⅱ类和MHC-Ⅲ类分子，主要功能是提呈抗原肽供T淋巴细胞识别和介导移植排斥反应。

主要包括免疫细胞信号转导分子、免疫细胞相关转录因子、免疫功能相关微小RNA（microRNA）等。这些分子在感知外界信息、介导免疫细胞活化以及调控免疫应答水平中发挥重要作用。

参与免疫细胞信号转导过程的分子总称，主要包括蛋白激酶（protein kinase; PK）、磷酸酯酶（phospholipase）、接头蛋白（adaptor protein）和支架蛋白（scaffold protein）等。蛋白激酶的主要作用是激活蛋白质磷酸化；磷酸酯酶即蛋白磷酸酶，可催化蛋白脱磷酸化，与蛋白激酶协同作用调控胞内蛋白磷酸化水平，决定蛋白质生物学活性；接头蛋白可为信号转导分子提供停泊位点，促进信号级联反应；支架蛋白可同时结合多个信号蛋白分子，在维持信号通路级联反应的特异性和稳定性中起重要作用。

在免疫细胞内，能与相应配体结合后进入核内，结合于靶基因邻近的反应元件，活化基因表达特定胞内蛋白质分子，如核转录因子NF-κB（nuclear transcription factor-κB; NF-κB）等。