该条例于1990年5月25日中华人民共和国国务院第61次常务会议通过，并于1990年6月25日发布，自1990年8月1日起施行。

2007年9月25日中华人民共和国国务院发布了国务院令第507号《国务院关于修改 <中华人民共和国防治海岸工程建设项目污染损害海洋环境管理条例> 的决定》，对条例做相应修改，重新公布，修改后的条例共31条，自2008年1月1日起施行。2018年3月19日，根据 《国务院关于修改和废止部分行政法规的决定》进行修正。

该条例所称海岸工程建设项目，指位于海岸或者与海岸连接，工程主体位于海岸线向陆一侧，对海洋环境产生影响的新建、改建、扩建工程项目。具体包括：①港口、码头、航道、滨海机场工程项目。②造船厂、修船厂。③滨海火电站、核电站、风电站。④滨海物资存储设施工程项目。⑤滨海矿山、化工、轻工、冶金等工业工程项目。⑥固体废弃物、污水等污染物处理处置排海工程项目。⑦滨海大型养殖场。⑧海岸防护工程、砂石场和入海河口处的水利设施。⑨滨海石油勘探开发工程项目。⑩国务院环境保护主管部门会同国家海洋主管部门规定的其他海岸工程项目。

该条例适用于在中华人民共和国境内兴建海岸工程建设项目的一切单位和个人。拆船厂建设项目的环境保护管理，依照《防止拆船污染环境管理条例》执行。

该条例规定了行政监督原则，国务院环境保护主管部门，主管全国海岸工程建设项目的环境保护工作。沿海县级以上地方人民政府环境保护主管部门，主管本行政区域内的海岸工程建设项目的环境保护工作。

该条例关于海洋环境影响评价制度的规定如下：海岸工程建设项目的建设单位，应当在可行性研究阶段，编制环境影响报告书（表），按照环境保护法律法规的规定，经有关部门预审后，报环境保护主管部门审批；环境保护主管部门在批准海岸工程建设项目的环境影响报告书之前，应当征求海事、渔业主管部门和军队环境保护部门的意见；禁止在天然港湾有航运价值的区域、重要苗种基地和养殖场所及水面、滩涂中的鱼、虾、蟹、贝、藻类的自然产卵场、繁殖场、索饵场及重要的洄游通道围海造地。海岸工程建设项目环境影响报告书的内容，除按有关规定编制外，还应当包括：所在地及其附近海域的环境状况；建设过程中和建成后可能对海洋环境造成的影响；海洋环境保护措施及其技术、经济可行性论证结论；建设项目海洋环境影响评价结论。

该条例规定了禁止兴建向中华人民共和国海域及海岸转嫁污染的中外合资经营企业、中外合作经营企业和外资企业；海岸工程建设项目引进技术和设备，应当有相应的防治污染措施，防止转嫁污染。在海洋特别保护区、海上自然保护区、海滨风景游览区、盐场保护区、海水浴场、重要渔业水域和其他需要特殊保护的区域内不得建设污染环境、破坏景观的海岸工程建设项目。兴建海岸工程建设项目，不得改变、破坏国家和地方重点保护的野生动植物的生存环境。不得兴建可能导致重点保护的野生动植物生存环境污染和破坏的海岸工程建设项目；确需兴建的，应当征得野生动植物行政主管部门同意，并由建设单位负责组织采取易地繁育等措施，保证物种延续。在鱼、虾、蟹、贝类的洄游通道建闸、筑坝，对渔业资源有严重影响的，建设单位应当建造过鱼设施或者采取其他补救措施。在处罚方面，该条例第二十六至二十八条的规定增加了罚款力度。

制定和实施《防治海岸工程建设项目污染损害海洋环境管理条例》，有利于保护海洋环境和海洋生态系统，在推进海洋资源、环境开发利用的同时，维护海洋生态环境的平衡，减少工程建设项目对海洋环境的影响；有利于对海岸工程建设进行指导、节制、统筹协调和监督，全面维护海洋资源可持续利用，为开发与保护海洋提供法律保障，以确保国家海洋资源的永续利用和海洋经济的可持续发展。