位于日本京都市。京都是一座千年古都，拥有丰富的文化遗产，1976年为了平衡京都市的发展与保护之间的关系，增强市民的文化遗产保护意识，京都市埋藏文化遗产研究所应运而生，由杉山信三任第一任所长，办事处设立于京都市右京区，后迁往上京区今出川大宫东，并开设了京都市考古博物馆。1981年，研究所加入了全国埋藏文化财法人联络协议会。2006年4月作为京都市考古资料馆的指定管理员管理其运营。2013年正式成为一个公益财团法人机构。

京都市埋藏文化财研究所主要是针对埋藏文化财产的挖掘调查；出土文物的保存、修复及策划相关展览；出版相关学术报告，研究埋藏文化财的价值，并管理京都考古资料馆的管理运营。