总部位于古都奈良。系受日本文化厅管理的独立行政法人国立文化财机构之一。其前身是附属于日本文化厅前身的文化财保护委员会的文化财调查研究机构，成立于1952年。最初设有历史、建筑、美术工艺3个研究室与总务室。之后，以平城宫遗址的保存问题为契机，分别于1963年设置了平城宫遗址发掘调查部，于1973年设置了飞鸟藤原宫遗址发掘调查部。1973年，根据三年前的内阁决议设置了飞鸟资料馆。1974年，作为应对因国土开发引发的埋藏文化财问题的措施之一，设置了埋藏文化财中心。其后，国家又根据中央政府部门重组推进行政改革的方针对附属于各中央政府部门的研究机构进行了重组，而于2001年4月附属于日本文化厅的东京国立文化财研究所与奈良国立文化财研究所两家研究机构均成为独立行政法人文化财研究所。此外，文化财研究所于2007年4月与独立行政法人国立博物馆合并，成为独立行政法人国立文化财机构，奈良文化财研究所就是该机构的成员之一。

奈良文化财研究所在保护全国各地及世界的珍贵遗址、文物以及作为其活用基础的文化财的保存、修复和整备的研究方面投入了力量，在2011年3月的东日本大地震受灾文化财的挽救活动中发挥着重要的作用。还开展了众多以地方政府等的埋藏文化财调查担当工作人员、海外研究人员为对象的培训及与日本国内相美外机构的共同研究。此外，对平城宫遗址资料馆及藤原宫遗址资料室、飞鸟资料馆的研究成果及调查成果进行公开及传播信息也是研究所的重要工作。